阿木雜紀: 2016

2016年12月19日星期一

桌遊設定-1

Date: 20161219
Version: 1

卡片遊戲，參考爐石、植物大戰殭屍、魔幻卡牌

符合物理定律

生命值、血量，當歸零時，角色死亡，換句話說，生命值維持著生命，所以生命值是甚麼概念呢？當人無法產生能量維持身體運作時，人就死了，所以我認為生命值是一種身體能量的概念，當生病受傷時，需要消耗額外的能量來進行修補，所以生病受傷的人格外虛弱，之後攝入富含營養的食物，補充身體失去的能量，當老去時，身體的能量流失的速度大於補充的速度，最終身體能量流光死亡，因此我認為生命值等於能量。

而能量就是統稱的法力、魔力、能量點數，及用來招喚怪物的花費。

所以綜上述得知，角色生命值等於能量，不需要兩種，簡化遊戲模式。

質量守恆：

用魔力創造生物，當生物死去時，魔力返回
當用魔力創造生物時，魔力可轉換成生命值、攻擊力、能力三種型態，故魔力=生命值+攻擊力+能力，能力可以換算成魔力
魔力最高為9，取九為極數，即0123456789中，最高者為9
在生物中，魔力最低為1點生命值、0攻擊力、0能力，故魔力為1點(1+0+0)
法術之消耗取決於能力之強弱，一樣是1到9之間
故總結來說，所有法力消耗均為1至9點之間
所謂事不過三，能力最多為三項，不可超過
設想：有種族設定，每一種族中，其能量消耗為1至9點各一張，共9張牌，可生物或魔法
能力設定：通用能力(無關種族) 和種族能力(種族特有)
每一種族分成三階，1-3為一階，4-6為二階，7-9為三階，每一階可選一張牌，共三張牌，每一張最多三重複。
每一牌組最多30張牌

熱力學第二定律：

能量會自行發散，呈現熵之最大值，故能量不會一直集中在角色身上，因此每回合結束後都會自然損失1點能量(回合：單人回合/雙人回合???)

牛頓第三運動定律：

作用力等於反作用力，攻擊者恆被攻擊，因此設定為攻擊會彼此反擊，A攻擊B等同於B攻擊A，故A會受到B攻擊(A生命值-B攻擊力)，B也會受到A攻擊(B生命值-A攻擊力)，若生命值為0或負數時，生物消失

2016年12月18日星期日

小說背景設定-12

Date: 20161212
Version: 1

類似成語的形式，但限定與身體部位相關之詞彙，每一個身體部位只可修練一項(類似神通/術法之類的稱呼)

有許多同意不同字，如：眼、睛、目...之類的，以上屬於同一個身體部位
使用到身體某特定部位之動詞亦可含列之，如呼風喚雨(呼喚從嘴巴、口)
若一詞中，有包含兩種(含以上)之身體部位者，優先權較高，故無法再修練單一部位之神通/術法
實際意義相符者或者是字面上相符者亦可列之，如一目十行，目是閱讀(實際)，不是眼睛(字面)，字面上是指一次可同時閱讀十行文字，但實際意思為形容閱讀速度的快速，以上四種解釋，其中前兩者為前提，後兩者為效果，前提者只要符合字面即可，效果者兩者皆可使用，需自行選定效果(固定效果/成長效果)
與身體特定部位相關之名詞，如一言九鼎(言從嘴巴、口)、疾言厲色

專而不精或精而不專

從教育部成語典中，經程式抓取後剩餘1500左右的成語，但實際與本主題相關的尚未計算

共可分為三大類：

1.身體部位之名詞：
2.身體部位相關之動詞：
3.身體部位相關之名詞：

參考文獻：
1. 教育部成語典
2. 邱湘雲漢語身體動詞義素分析—以「眼、口、手、足」語義子場為例 (2012) 臺北市立教育大學學報民 101，第 43 卷第二期 25-56 頁
3. 邱湘雲漢語足部動作詞的空間隱喻 (2012) 國立彰化師範大學文學院學報第六期，頁 225-242二○一二年九月
4. 瘦猴麟的blog 含有器官或人體組織的成語
5. 【含有身体部位名称的成语】成语大集合
6. 漢語辭彙學期末報告：含有人體名稱的成語

使用資料：
1. 成語資料庫(xlsx)
2. Perl程式_抓取電子書中擁有的成語(pl)
3. 電子書中擁有的成語(txt)
4. 電子書中擁有的成語的頻率(xlsx)

2016年12月3日星期六

生命之源：能量、演化與複雜生命的起源
尼克‧連恩

Date: 20161203
Version: 1

生物相關書籍

介紹生命可能的起源模式

這本書剛出的時候我就買了，比想像中的厚很多，內容主要是在探討生命可能會使用何種方式來誕生與演化，作者講述了許多教科書上沒有教的學術知識，而這也讓我們更能了解到生命的起源是多麼不容易的事情，以前都教生命可能起源於太古濃湯之中，但在作者的論述中，太古濃湯並不能真正形成一個生命起源，並在文中加以論述，作者除了利用相關實驗與數學模型來解釋其理論，他也在書後附上厚厚一疊的相關文獻，將近60頁的參考文獻，真的很厲害，我還沒看過有這麼多的參考文獻啊！作者在這本書之前出了相關的書籍，如果有想更仔細地觀看某些論點可以去找找作者之前的書籍，在這本書當中，作者簡明地提出之前書籍的相關論點，就CP值來說是還不錯的！這本書跟之前的《解開生命之謎：運用量子生物學，揭開生命起源與真相的前衛科學》來說，這本比較偏向生物學，而之前那本則是比較偏向物理學，兩者相符相乘，有興趣的人兩本都是不容錯過的好書。

2016年11月13日星期日

論領養代替購買

Date: 20161004
Version: 2

情況：兩個鄰居最近都購買了小狗
問題：為何他們選擇購買小狗

假設：理論上"領養代替購買"宣導是到位的，理論上一般人都知道"領養代替購買"，理論上兩位鄰居是一般人=>所以一般人會在知道"領養代替購買"的情況下，選擇了購買。

因此，我認為政策的宣傳是成功的，但是其實質影響力是有限的。

所以在當下是什麼原因讓他們選擇了購買呢？

領養和購買各有什麼優缺點呢？

詢問相關朋友的論點，以下是他們的對話

鄰居A

會考慮到寵物店買小狗，是因為沒養過寵物，不知道怎麼照顧，所以選擇到寵物店

朋友A：(在獸醫院工作)

因為品種

還有小狗比較討人喜歡

像寵物店大了的貓狗，賣不掉的處理方式百百種
認養的優點，對飼主來說，通常認養的狗狗會很忠心，因為他們都知道自己是被救出來的

缺點是，可能有得慢性病，例如腎衰、心臟病，或傳染病，才被棄養。但也有人是不想養就送收容所，我是不敢踏入收容所，環境太糟了，我會受不了那個景象

那買狗的優點，就是可以挑自己看順眼的品種吧，但不保證沒病。因為近親繁殖，很多遺傳疾病，也比較體弱多病，我們看太多了

甚至剛買回家，犬瘟、貓瘟才發病，因為繁殖場的環境髒，又多貓狗，容易集體感染

很容易小時候發病沒撐過就夭折，有的寵物店會說能換一隻，但生病的那隻回寵物店一定是等死的

最主要是賣相，之前有宣導片把收容所的狗放進寵物店玻璃，而且免費，結果很快就被認養光了。收容所的狗都又髒又臭，很難想像有人照顧之後，其實都會很漂亮

朋友B：(有在關懷流浪動物)

買的是名種狗嗎? 如果是，那就是喜歡品種犬

認養就是免費減少流浪動物的數量

但購買就是助長繁殖業因為繁殖場通常是近親交配生下來的狗有疾病的居多

而且繁殖業者通常不會善待種狗環境髒亂讓牠們不斷交配生育直到無法利用就送進收容所安樂死

朋友C：(有買過，也有認養過)

我

因為我覺得沒辦法照顧大狗

光洗澡，剪毛，就累死了

還要每天煮飯給他吃

我家養狗不吃飼料

一天兩餐，吃雞腿或排骨

白飯，有一些菜

大狗負擔不起

一般領養都混血狗，都大狗

吃飯會把我吃垮

洗澡會把我操死

剪毛會把我累死

給人剪毛都生病，因為共用器具

洗澡被虐待，新聞報一堆

寵物飼料是毒藥，千萬別吃，吃了會短命

很簡單的道理，人如果能吃的，絕對不會去做飼料，賣給人吃怎樣都比較賺

只能做飼料的是啥玩意。。。。大概也不用太期待了

何況現在一堆人吃的都有毒了

2016年11月11日星期五

令人著迷的生與死：耶魯大學最受歡迎的哲學課
雪萊‧卡根

Date: 20161111
Version: 1

哲學書

討論生與死的哲學

當初會找到這本書，完全是因為當時正在搜尋"自殺"的關鍵字，當時除了這本書之外還有《自殺論》和《理論旅人之涂爾幹自殺論之霧裡學》這兩本書(這兩本我都有買，不過還沒看，等之後看了再寫心得)，而在這本書中，自殺是放在最後一節，第十五小節，所以在看的途中，真是百般煎熬，畢竟想要看的主題在最後一節，但中間又不能跳過，但隨著章節前進越能體會到其中的哲學思想，讓人不知不覺中看完了整本書。

書中的前半部在討論"生"，用"生"來討論"死"，而後半部則是在討論"死"，用"死"來討論"生"，並且內容是循序漸進，一步一步地往下走，可以從其中看出思想的脈絡，也可以了解作者的觀點，但認同又是另外一件事了，作者也講明這本書是以他的觀點來呈現，希望可以說服讀者，但決定相不相信是讀者的事，他不會也不能去干預你的決定。

在書中，作者常提出一些簡單的假設，會忽略一些過於複雜的討論，並提出例子來呈現假設，但接著又會提出反例，來推翻假設，並增加新的條件來形成新的假設，一步一步地逼近核心論述，來讓讀者可以慢慢地思考，這是我覺得還不錯的地方，不會太快。

在自殺方面，作者所提出的觀點非常符合我的胃口，應該是說我對於自殺的看法是作者看法的極端型，所以我很認同作者對於自殺所提出的總總論述，真的值得一看。同時，我也希望在看完剩下的兩本自殺相關書籍，可以幫助我釐清關於自殺的看法，是否可以整理出一套我對於自殺的觀點。

我害怕死亡，死亡本身並不可怕，但我怕死亡帶來的改變，死亡就是一種劇變，我常常想到如果我的親人死去，他們將從我的生活中永遠消失，再也看不到他們時，內心十分堵塞，所以我害怕死亡，害怕它帶來的改變，準確來說，我害怕改變，改變帶來種種的不確定性。

死亡率

Date: 20161111
Version: 2

我下載了歷年死亡人數[1]，並做了一點統計，發現1-3月的平均死亡人數大於4-12月平均死亡人數，大概是1.1倍左右，p-value < 0.05，具有統計差異(Table 1)。

當然如果是每一年來看，有些年有差異，有些年沒有，有的話則是1.1-1.2倍左右。

目前還不清楚為什麼會有這樣的趨勢？

當初會想做這個統計是因為，我假設所謂的三節是為了沖煞所導致的，所以我猜那時候會死比較多人才會需要沖煞。

所謂三節分別是春節、端午、中秋，但從模式上看不出有差異，而1-3月很明顯的可以看出來，那春節和其他二節有甚麼不同嗎？

當然還有一個可能就是人事問題，因為資料也是人蒐集的，是不是在蒐集與彙整上有模式上的問題，才會導致這樣的顯著差異呢？

統計結果
Table 1. 死亡率

參考文獻
1. 出生數、出生率、死亡數、死亡率內政部戶政司、統計處

2016年10月29日星期六

小說背景設定-9

Date: 20161029
Version: 1

如果每個人的能力都是茶杯、茶、或者是茶几...等，有關茶道相關等器具。

理論上在初期，茶具壞了也無所謂，但在後期天人相交之後會進行綁定，因此損壞可能造成危害。

茶杯=>材質、屬性、大小、花紋、花色、題辭...等

茶=>種類、品種、時間、味道、泡法...等

茶壺=>同茶杯

茶几=>同茶杯

除了茶是否有其他飲品，例如東西方之別(可樂、牛奶...等等)之類的。

2016年10月24日星期一

黃阿瑪的後宮生活：阿瑪建國史
黃阿瑪的後宮生活：後宮交換日記
志銘與狸貓

Date: 20161019
Version: 1

貓書

介紹貓的故事

兩本內容近似於介紹這七隻貓與飼主的故事，在介紹之餘，還會附加一些寵物相關的小知識，所以這兩本並不是在介紹"貓"這種動物的百科全書，而是介紹七隻貓與飼主的生活日誌，話說回來，我覺得這兩本書是屬於衝動性消費的結果，當初就是覺得這幾隻貓很可愛，之後看到有出書，就興沖沖的跑過去買了，結果買完我就後悔了，QQ，這就是衝動性消費，應該引以為戒。

另外，我喜歡貓勝於狗，我覺得貓很酷，雖然如此，我還是不會去飼養牠們，就我個人來講，我覺得動物都是骯髒的，所以我看見外面的貓狗，甚至是校狗，我都覺得很髒，所以我不會去碰觸牠們，如果是有飼主的，而且飼主有在照顧的，我可能就會碰碰看，也就是手摸摸牠們的背部，絕不會碰到其它地方，而且碰完後，這隻手一定不會再碰到任何東西，因為我覺得我的手髒了，直到我去洗手才算結束，這樣的結果大概源自於我媽吧！所以我在路上看到有人會去碰狗，我都會覺得牠們怎麼敢！

2016年10月18日星期二

理論物理及交叉學科前沿I
盧建新主編

Date: 20161018
Version: 1

介紹科學的書

統整多人之著作的書

這本是簡體書，也就是大陸出版的，其內容主要是介紹大陸學者對於理論物理的論文，可以看到許多前沿的科學知識，雖然只是論文，但確有豐富的參考文獻提供佐證，讓人可以更深入的了解這些科學，書中共有九個章節，主要都是黑洞、量子引力、弦/M理論，當然其中我最喜歡的還是量子相關以及弦/M理論，當然書中有許多公式是看不懂的，但就跟論文一樣會有figure legend or table legend來闡述實驗概念與結論，而這就可以幫助我們了解這些科學背後的意義，推薦給對科學有興趣的你，本書於2014年發行，比現今晚了兩年，可能有些知識是錯的或老舊了，但還是可以參考看看。

2016年10月14日星期五

小說背景設定-8

Date: 20161006
Version: 1

陽極生陰，陰極生陽

人屬陽，鬼屬陰 => 人極生鬼，鬼極生人 => "寂"取代"極" => 人寂生鬼，鬼寂生人
即，人死了變鬼，鬼死了變人。

人鬼之間是否有間隔？

人鬼年齡？

自我意識是否存在？是否會因死去而消失還是繼續延伸？

人產生後代，此後代是鬼變的還是新生的，同理，鬼產生後代，此後代是人變的還是新生的？

若鬼只是另一種意義的人呢？

2016年10月11日星期二

工廠品質管理SOP實戰！
王祥全

Date: 20161009
Version: 1

介紹品管的書籍

用詳細的步驟來介紹品管流程

因為新的工作可能讓我擔任品管的職位，由於我不是這個專業的，所以我買了這一本書，主要是因為這本書是專門給新進的品管人員閱讀的，畢竟就算你考了QCT證照，但你還是無法真正地進行品管操作，所以希望透過這本書來了解品管的內容與應該要做到的步驟，讓我可以更快上手，這本書也確實地詳細的描述品管的流程，讓我大概清楚品管內不需要做到哪些？而且作者還提供了自己的FB(www.facebook.com/groups/502482499929072)來幫助大家解決問題，另外，作者也提供許多品管相關的表格給予索取。

最後在書尾看到白象文化，他的標語是"不須出版社審核，人人都能出自己的書"，我是不清楚這家出版社是否真的做到這樣啦？但就我個人覺得這本書真的有點貴，相比它的厚度來說，或許是這樣個關係，所以這本書才比較貴吧！

2016年10月8日星期六

MySQL 超新手入門 (1) - (20)
張益裕

Date: 20161008
Version: 1

這是學習MySQL的網路課程，共20課，我會把每一課相關的指令列出，方便我以後要進行複習。

MySQL 超新手入門（1）重新開始

介紹MySQL和database的概念

MySQL 超新手入門（2）資料庫概論與 MySQL 安裝

1. 儲存與管理資料
1.1 資料庫管理系統與資料庫伺服器
1.2 資料庫
2. SQL介紹
3. MySQL Workbench
4. 下載與安裝MySQL資料庫
5. 安裝範例資料庫

MySQL 超新手入門（3）SELECT 基礎查詢

1 查詢資料前的基本概念
1.1 表格、紀錄與欄位
2 查詢敘述
select, from, where, group by, having, order by, limit
2.1 指定使用中的資料庫
2.2 只有SELECT
2.3 指定欄位與表格
select * from
2.4 指定需要的欄位
2.5 數學運算
2.6 別名
as
3 條件查詢
3.1 比較運算子
=, <=>, !=, <>, <, <=, >, >=
3.2 邏輯運算子
NOT, &&, AND, ||, OR, XOR
3.3 其它條件運算子
between and, in, is, is not, like
3.4 NULL值的判斷
3.5 字串樣式
%, _
4 排序
5 限制查詢
5.1 指定回傳紀錄數量
5.2 排除重複紀錄

MySQL 超新手入門（4）運算式與函式

1 值與運算式
1.1 數值
1.2 字串值
SET sql_mode = 'PIPES_AS_CONCAT'
1.3 日期與時間值
1.4 NULL值
2 函式
SET sql_mode=’IGNORE_SPACE’
datediff
2.1 字串函式
lower, upper, lpad, rpad, ltrim, rtrim, trim, repeat, replace
left, right, substring
concat, concat_ws
length, char_length, locate
2.2 數學函式
round, ceil, ceiling, floor, truncate
pi, pow, rand, sqrt
2.3 日期時間函式
curdate, crutime, year, month, day, monthname, dayname, dayofweek, dayofyear, quarter, extract, hour, minute, second
adddate, addtime, subdate, subtime, datediff
2.4 流程控制函式
if, case, when then, else,
2.5 其它函式
ifnull, isnull
3 群組查詢
3.1 群組函式
max, min, sum, avg, count, distinct
3.2 GROUP_CONCAT函式
3.3 GROUP BY與HAVING子句
asc, desc, with rollup
SET sql_mode = 'ONLY_FULL_GROUP_BY'

MySQL 超新手入門（5）JOIN 與 UNION 查詢

1 使用多個表格
2 Inner Join
2.1 使用結合條件
2.2 指定表格名稱
2.3 表格別名
2.4 使用「INNER JOIN」
join on/using
3 Outer Join
3.1 LEFT OUTER JOIN
3.2 RIGHT OUTER JOIN
4 合併查詢
union

MySQL 超新手入門（6）CRUD 與資料維護

1 取得表格資訊
1.1 DESCRIBE指令
1.2 欄位順序
2 新增
2.1 基礎新增敘述
insert values/set
2.2 同時新增多筆紀錄
2.3 索引值
ignore
2.4 索引值與ON DUPLICATE KEY UPDATE
update
2.5 「REPLACE」敘述
replace
3 修改
update
3.1 搭配「IGNORE」
3.2 搭配「ORDER BY」與「LIMIT」
4 刪除
4.1 「DELETE」敘述
4.2 「TRUNCATE」敘述

MySQL 超新手入門（7）字元集與資料庫

1 Character Set與Collation
1.1 Character Set
SHOW CHARACTER SET
1.2 COLLATION
SHOW COLLATION
2 資料庫
SHOW VARIABLES LIKE ‘datadir’
2.1 建立資料庫
create database if not exits
2.2 修改資料庫
alter database
2.3 刪除資料庫
drop database if exits
2.4 取得資料庫資訊
show
information_schema

MySQL 超新手入門（8）儲存引擎與資料型態

1 表格與儲存引擎
1.1 MyISAM
1.2 InnoDB
1.3 MEMORY
1.4 儲存引擎與作業系統
2 欄位資料型態
2.1 數值
tinyint, smallint, mediumint, int, bigint
float, double, decimal
zerofill, unsigned
2.2 位元
2.3 字串
char, varchar, tinytext, text, mediumtext, longtext
length
binary, varbinary, tinyblob, blob, mediumblob, longblob
2.4 列舉與集合
enum, set
2.5 日期與時間
date, time, datetime, year, timestamp
global, session

MySQL 超新手入門（9）表格與索引

1 建立表格
create table
1.1 表格屬性
engine, charcter set, collate
1.2 字串欄位屬性
1.3 數值欄位屬性
unsigned, zerofill, auto_increment
1.4 通用欄位屬性
null, not null, default
1.5 TIMESTAMP欄位型態與預設值
on update, default current_timestamp
1.6 使用其它表格建立一個新表格
1.7 建立暫存表格
create temporary
2 修改表格
alter table
2.1 增加欄位
add
2.2 修改欄位
change, modify
2.3 刪除欄位
drop
2.4 修改表格名稱
alter table .. rename .., rename table .. to ..
3 刪除表格
drop table
4 索引介紹
primary key, unique index, non-unique index
5 建立索引
5.1 在建立表格的時候建立索引
5.2 在修改表格的時候建立索引
5.3 使用「CREATE INDEX」建立索引
6 索引的名稱
7 刪除索引
drop index
8 數值欄位型態與AUTO_INCREMENT
last_insert_id()
bigint unsigned not null auto_increment unique, serial
9 查詢表格與索引資訊
9.1 表格相關資訊
show
9.2 索引相關資訊
show index

MySQL 超新手入門（10）子查詢

1 一個敘述中的查詢敘述
2 WHERE、HAVING子句與子查詢
2.2 「IN」運算子
2.3 其它運算子
all, any, some
2.4 多欄位子查詢
3 SELECT子句與子查詢
4 FROM子句與子查詢
5 資料維護與子查詢
5.1 新增
insert
5.2 修改
update .. set ..
5.3 刪除
delete
6 關聯子查詢
7 子查詢與結合查詢

MySQL 超新手入門（11）Views

1 View的應用
2 建立需要的View
create or replace view
describe
3 修改View
alter view
4 刪除View
drop view if exists
5 資料維護與View
5.1 使用View元件執行資料維護
5.2 使用「WITH CHECK OPTION」
cascade, local
6 View的演算法
7 View的維護與資訊
7.1 檢驗View的正確性
7.2 取得View的相關資訊

MySQL 超新手入門（12）Prepared Statement

1 使用者變數
set
2 Prepared Statements的應用
3 建立、執行與移除Prepared Statements
prepare .. from ..
execute .. using ..
deallocate/drop prepare
4 Prepared Statements的參數
5 有效範圍

MySQL 超新手入門（13）Stored Routines 入門

1 Stored Routines的應用
create procedure
call
create function
1.1 Stored Procedures介紹
drop procedure
1.2 Stored Functions介紹
create function
return
drop function
2 在MySQL Workbench中管理Stored routines
2.1 SQL Script、DELIMITER與Stored routines
delimiter
begin .. end
returns, return
2.2 管理Stored Procedures
alter stored procedure
drop stored procedure
2.3 管理Stored Functions
create function
alter function
drop function
3 Stored Routines的參數
3.1 Stored Functions的參數
3.2 Stored Procedures的參數
in, out, inout

MySQL 超新手入門（14）Stored Routines 的變數與流程

1 宣告與使用變數
declare, set
2 判斷
2.1 IF
if .. then .., elseif, else, end if
2.2 CASE
case, when .. then .., else, end case
3 迴圈
3.1 WHILE
while, end while
3.2 REPEAT
repeat, until, end repeat
3.3 LOOP
loop, end loop
4 標籤
leave
[label]:
iterate

MySQL 超新手入門（15）Stored Routines 進階

1 錯誤編號
MySQL錯誤編號、SQLSTATE
2 Handlers
declare .. condition for ..
declare .. cursor for ..
declare .. handler for ..
exit, continue
3 Conditions
4 Cursors
open, fetch,
5 設定、修改與刪除Stored routines
5.1 建立Stored routines時的設定
LANGUAGE {SQL}
[NOT] DETERMINISTIC
SQL SECURITY { DEFINER | INVOKER }
COMMENT ‘說明字串’
5.2 修改Stored routines設定
alter procedure/function
5.3 刪除Stored routines
6 查詢Stored routines的相關資訊

MySQL 超新手入門（16）Triggers

1 Triggers的應用
2 建立Triggers
create trigger .. on .. for each row ..
before, after
insert, update, delete
3 刪除Triggers
drop trigger if exits
4 OLD與NEW關鍵字
5 查詢Triggers的相關資訊

MySQL 超新手入門（17）查詢 information_schema

1 information_schema資料庫
2 SHOW指令
2.1 資料庫元件資訊
show database/schemas/table/table status/columns/full columns/index/triggers
2.2 建立元件資訊
show create database/table/function/procedure/view
2.3 字元集與collation
show character set/collation
2.4 其它資訊
show engines
show global/session status/variables
3 DESCRIBE指令
4 mysqlshow
using in command line

MySQL 超新手入門（18）錯誤處理與查詢

1 錯誤的資料
set sql_mode = ' '/'STRICT_TRANS_TABLES'/'STRICT_ALL_TABLES'
2 Non-Strict模式
session, global
2.1 數值
2.2 列舉(ENUM)與集合(SET)
2.3 字串轉換為其它型態
2.4 NULL與NOT NULL
2.5 Strict模式與IGNORE關鍵字
3 其它設定
set sql_mode = 'STRICT_ALL_TABLES,ALLOW_INVALID_DATES'
NO_ZERO_DATES, NO_ZERO_IN_DATES, ERROR_FOR_DIVISION_BY_ZERO
4 查詢錯誤與警告
show warnings/error
perror (using in command line)

MySQL 超新手入門（19）匯入與匯出資料

1 備份與回復
2 使用SQL敘述匯出資料
SELECT .. INTO OUTFILE ..
fields terminated by/[optionally] enclosed by/escaped by
lines starting by/terminated by
3 使用SQL敘述匯入資料
3.1 指定資料檔案
load data [local] infile ..
3.2 設定資料格式
3.3 處理匯入的資料
3.4 索引鍵重複
ignore, replace
3.5 匯入資訊
records, deleted, skipped, warnings
4 使用mysqldump程式匯出資料
mysqldump in command line
5 使用mysqlimport程式匯入資料
mysqlimport in command line

MySQL 超新手入門（20）效率

1 索引
1.1 索引的種類
FULLTEXT, SPATIAL
1.2 建立需要的索引
1.3 建立部份內容的索引
2 判斷條件的設定
4 EXPLAIN與查詢敘述
5 資料維護
6 LIMIT子句
7 使用暫時表格
8 儲存引擎

2016年10月5日星期三

自殺二問

Date: 20161005
Version: 1

相較前一篇《自殺一問》，時間已經經過一年之久，但我對於"自殺"的想法尚未改變，我不贊成自殺也不反對自殺，並且我尊重那些自殺者的選擇，這就是我的觀點。

而在這一篇當中，希望以統計的角度來滿足我的好奇心，但這些統計資料我不確定是否拿得到，也希望有人記錄這樣的數據或者做過這樣的統計結果。

這個主題的目的是想探討在自殺的時候，自己選擇放棄自殺或是被阻攔，在這兩種情況下，哪一種的再自殺率(再次選擇自殺)會比較高呢？

自殺失敗的狀況可以再細分成三種，1)自主放棄、2)被阻攔(言語)、3)被阻攔(物理性接觸)，其中1和3很好理解，一個是自己放棄的，另一個是被人阻攔，但第二個就有些不好討論，第二個因為他人的言語而自己選擇放棄自殺，上述語句包含了1，所以它算是自主放棄嗎？可是它又是因為"他人的言語"而放棄，有他人的話這算是被阻攔吧？就結果論來說是自主放棄，但就原因來說卻是被阻攔，所以2到底是算在1還是3呢？

當初想要這個題目的時候是假設，被人阻攔時，雖然自殺失敗，但心裡的念頭卻沒有斷，因此再自殺率理論上會比自主放棄的還高，當然這是主觀個人的猜測，所以才想出這個題目來證明我的猜測是對與否？

可惜的是，目前我搜尋不到相關統計資料，應該是說沒有我要的統計資料，真是可惜，希望如果有人有相關資料可以提供給我進行分析。

想統計以下機率為何？

自殺-成功
-不成功-自主放棄-再自殺-成功
-不成功-自主放棄
-被阻
-無自殺
-被阻-再自殺-成功
-不成功-自主放棄
-被阻
-無自殺

自殺一問

Date: 20151026
Version: 1

在以前，我認為那些會自殺的人沒有抗壓性...之類的。但後來發生了一些事、聽到了一些話、學習了一些知識，讓我對「自殺」這件事改觀了。

自殺的前提：

若P則Q
若 Z(利) > B(弊)，則自殺
Z(利)：因自殺而產生的好處
B(弊)：因自殺而產生的壞處 or 對死亡的恐懼

人的天性是趨吉避凶的，當"因自殺而產生的好處"大於"因自殺而產生的壞處"或"對死亡的恐懼"時，自然而然的會選擇自殺，這是毋庸置疑的。

什麼「想想愛你的人們」、「自殺不能解決問題」這些屁話，你以為他們沒想過嗎？現在是個資訊爆炸的時代，他們會沒聽過嗎？就是因為想過後，發現Z(利) > B(弊)，所以才選擇自殺的。又或者說，在那當下，在那一瞬間，Z(利) > B(弊)，所以自殺。

又換句話說，許多人想自殺後來又不敢了，又或者是自殺後被救活後很後悔當初要去自殺，這些種種說明了，資訊不對等的結果，對於"因自殺而產生的壞處"或"對死亡的恐懼"，他們低估了，因而造成了Z(利) < B(弊)，所以他們不敢了或後悔了。

從上述又可得知，人是盲目的，人不是全知全能的，人是主觀的，其造成的結果就是"資訊的不透明"又或者是"資訊的不對等"，兩者意思是一樣的，若是透明的，則資訊可以相互交流，則不會造成不對等的現象發生，當"資訊不對等"發生在"因自殺而產生的好處"、"因自殺而產生的壞處"或"對死亡的恐懼"上面時，就造成了Z(利) > B(弊)或Z(利) < B(弊)，而產生了自殺不自殺、後悔不後悔，應該去自殺不應該去自殺...等結果。

上述說明了"資訊的不對等"對於個人的影響，"資訊的不對等"也同樣發生在外部環境上，當你去找心理醫師時，你跟醫師講的話真的跟你內心的話一樣嗎？當你要自殺時，有一個路人基於其個人主觀意識選擇決定救你，而讓你無法自殺，這些種種"資訊的不對等"也造上了Z(利) > B(弊)或Z(利) < B(弊)。

自殺，只是一種選擇，是在Z(利) > B(弊)之後，所做出的一種選擇罷了。

因此，此後，我對於那些自殺的人們，懷抱著"尊重其選擇"的態度，而不以個人主觀意識做評論。

2016年9月25日星期日

小說背景設定-7

Date: 20160915
Version: 1

每個人體內都有自己的世界，自我勾勒出自己的世界

各種世界：水屬性、火、風、木、土、金、海賊王、死神、火影、小當家、JOJO、LoveLive!、儒道至聖、巫師之旅、哈利波特、鑽石王牌、鋼之鍊金術士、七龍珠......等之類的世界，也因此每個世界都有自己的特產或者物品，可以跟其他人進行交換。

因此有的世界擅長戰鬥，有的則擅長生活。

所謂之世界，就是可以自給自足的環境，也就是說不需額外吸收能量，反而可以源源不絕的產生出能量供己使用。或許初期在成長建造的過程須要能量提供，但進入某一階段後，能量會供過於求開始反哺，因此前期會有大能負責提供學子所需要的能量。

世界有各式各樣之構型，全憑自我建構，例如：單一星球、行星系、宇宙、平面大陸、顛倒大陸、地心類、三界類(天界人界冥界)、多宇宙、平行世界、低高緯度世界、重複世界......等類型。

2016年9月8日星期四

小說背景設定-6

Date: 20160908
Version: 1

殭屍查克拉
又或是一種血繼限界

必須死過一次才能開啟，開啟後會復活，但開啟失敗就真的死了。
復活是以死亡當下之狀態進行復活，所以老人死後復活還是老人。

2016年8月29日星期一

小說背景設定-5

Date: 20160828

Version: 1

發想來自於《看門狗》利用手機駭入各種電子設施，進行控制。

在觀看《薛丁格生命物理學講義：生命是什麼？》、《解開生命之謎─運用量子生物學，揭開生命起源與真相的前衛科學》和《走進修仙》這三本書後，假若所謂的自我或者意識是一團資訊集合體，而裝載這資訊集合體的器官則是靈魂，靈魂的組成是透過四基本作用力(強作用力、弱作用力、電磁力、萬有引力)形成所謂的"統一力場"，而統一力場可以有效的乘載與約束此資訊集合體，依等價交換原則，此行為需要耗費能量來維持，消耗的能量則是透過肉體所提供，但肉體不可能無止盡的提供能量，因此肉體須要透過外界供應來提供自己所需的能量，而資訊集合體則會指揮/操控肉體來從外界獲得能量，此即為生命最基本之要求"生存"。

因生命時從一出生就開始邁向死亡，也就是熵增的概念，肉體終究會死去，即有序變成無序，肉體不復存在，也沒有能量來供應靈魂的維持，也就失去約束資訊集合體的能力，最終，有序變為無序，資訊集合體也會潰散開來，從新融入大自然中。

因此，每個人都是資訊集合體，類似電腦的存在，那是否可以透過類似《看門狗》的存在來駭入每個資訊集合體呢？音樂、美術、功夫、物體、化學......等這世界上無一不存在的資訊，透過駭客進行監控、竊取、控制、上傳、下載，所有可以想得到的駭客技術都可以在這資訊集合體中來實現，這一界都來自一個手機APP《上帝之眼(或者有其他更適合的名字)》，此APP會下載到大腦內，因而造成昏迷。

甚至類似《科學超電磁砲》中的「幻想御手」，以及「一方通行藉助近1萬名御坂妹妹的運算來使用能力」、《加速世界》中的腦內加速、肉雞、跳板...等，來達到NTZ48或露西的能力

或者也可以操控動物

"受限於肉體，肉體無法透過下載來改變"<=除非肉體也是一種資訊集合體？

在這種設定下，在某種前提假設下，"鬼"是可以成立的，當肉體死亡後，靈魂不依靠肉體而從外界獲得能量時，就產生了鬼，而所謂的外界的能量，很可能指的是"暗能量"。

人鬼殊途 => 鬼從人(肉體)當中獲取能量，等於一副肉體提供給兩個靈魂，能量供給不夠，肉體開始衰弱，這就是為什麼人鬼殊途。

修行者：依靠修行從外界獲得能量 => 靈魂 -> 能量(暗能量) -> 改變肉體

肉體：物質資訊集合體 <-> 靈魂：虛幻資訊集合體
肉體<->大腦<->靈魂

肉體同樣也是一種資訊集合體，同樣也受作用於此APP
NTZ48改變肉體，進而影響靈魂，靈魂只是一個器官，因此影響的是自我或是意識。

靈魂->資訊集合體->資訊是從無序到有序->過程需要消耗能量->E=mc^2->資訊具有質量->資訊也是物質世界的一部分->靈魂也是物質世界的一部分->靈魂介於物質與虛幻之間，既是物質亦是虛幻。

2016年8月20日星期六

自然科學入門：數理篇
Wolfgamg Blum, Stenfan Greschik, Frank Groteluschen

Date: 20160820
Version: 1

簡單介紹數學與物理

一章數學與兩章物理學

在第一章時簡單介紹了諸多數學理論，之後延伸到物理學，整體來說就像是書名所說的，自然科學入門，內容並不難懂，當然裡面還是有許多專門知識，外人可能不好理解，但是因為這本書出版日期是2006年，距離今天也有10年過去了，所以有許多知識都是舊的，所以如果只是入門的話是可以看看，但實際上市面上還有許多"新的"入門可以參考，所以不是很推薦這本書。

2016年8月18日星期四

追蹤開膛手傑克─DNA科學鑑識解密百年懸案
羅素‧愛德華茲

Date: 20160706
Version: 1

找出開膛手傑克

運用科學方法來找出開膛手傑克

在本書中作者跟其他以往的研究者最大的不同在於，擁有了大披肩，第四位受害者的大披肩，然而這也代表著他的所有推論都只是根據這個大披肩得來的，雖然在之後他運用了科學鑑識的手法來闡述這件披肩，但也改變不了一言堂的事實。
即使如此，但從科學鑑識結果來看，此披肩可能是加害者所擁有的，並染上了受害者的鮮血，所以從披肩上找到了兩位後代的DNA證明。
有空的話，我以前曾經買過一本推論誰是開膛手傑克的書，可惜的是那本書中並沒有有關生物方面的鑑定，而是從其他方面他推論，因為已經很久了，不確定當初那本書推論的凶手是誰，有機會會翻出來看看，他所推論的對象究竟為何？
除此之外，我們還可以得知，你需要有錢又有閒才能來搞這個研究，首先，作者是一個徹頭徹尾的門外漢，而他擁有屬於他自己的事業，因此作者是一位老闆，可以自由安排自己的時間，而且有足夠的收入來支持他的花費，在這樣的前提下，他才有可能來探究誰是開膛手傑克，若不如此，他可能連溫飽都有問題，還怎麼會有錢來買大披肩呢？
有錢有閒才能做自己想做的事，加油吧！努力朝這個目標邁進。

2016年8月6日星期六

解開生命之謎─運用量子生物學，揭開生命起源與真相的前衛科學
吉姆‧艾爾─卡利里/約翰喬伊‧麥克法登

Date: 20160806
Version: 1

介紹量子力學與生物學

利用量子生物學來剖析生命

這本書是跟上一本書《薛丁格生命物理學講義：生命是什麼？》一起買的，當初它是被放在推薦欄中，看完後，我覺得這根本是現代版的《薛丁格生命物理學講義：生命是什麼？》或者是說《薛丁格生命物理學講義：生命是什麼？》的未來版，薛丁格在50年前所推論的東西，陸陸續續地在近代被驗證出來，而這本書可以幫助我們更基礎地更深入地來了解50年前薛丁格所猜測的事物，量子生物學如何在生命上發會作用，雖然是講述的是物理學與生物學，但作者們用淺顯易懂的舉例來幫助初學者進入狀況，所以非常推薦給不是相關領域的人來閱讀，也推薦這兩本書一起買會更好看。

2016年7月15日星期五

薛丁格生命物理學講義：生命是什麼？
薛丁格

Date: 20160714
Version: 1

生命是什麼？

用物理學和生物學的角度來詮釋生命

薛丁格是一位物理學家，他用物理學的觀念來解釋生物學，很難想像一位物理學家跨足到生物學，而且還很有條理，其中有許多概念啟發了許多後來的新知，但還有很多需要我們繼續努力來探討，當初會想看這本書的原因是因為一本小說《走進修仙》，在這本小說當中放入了許多生物學、物理學、數學、計算機......等概念，利用這些觀念來重新詮釋修真這門學問，他的概念很像我之前小說背景設計-1(http://iamamu.blogspot.tw/2016/03/1-date-20160319-version-1-q-ax-manx.html)很類似，只是他著重在公式的推導，而我比較重是在科目的運用，以小說內容為例，測不準原理運用在身法當中，敵人永遠不知道你確切的位置，這樣的概念真的很棒，也是因為該作者有提到這本書的關係，並借用許多概念，才讓我想了解這本書的內容到底寫些什麼，結果真的很棒，其中有許多概念是現在也還沒有答案的，推薦給大家有機會一定要看看。

走進修仙作者：吾道長不孤

簡介：
　　普通版：
當一個科研人員穿越到借科學方法探求天地的世界……
王崎：我們的口號是——學好數理化，修仙問道都不怕！
CCTV10版：
《天演圖錄》為何與進化論有關？飄渺無定雲劍和概率雲又有何關係？修真人士如何建造修真原子彈？量子力學怎樣在修真中得到體現？萬年前的絕世強者、今天的戒指老爺爺為何被評價為“誤人子弟”“沒用”？量子尊師薄耳、不準道人海森寶、太一天尊艾慈曇又與大科學家波爾、海森堡、愛因斯坦究竟有何聯係？讓我們跟隨主持人，哦不，主角王崎一起進入今天的《走進修仙》，探索科學修仙的秘密。

2016年7月1日星期五

從達爾文到愛因斯坦─科學理論的美麗錯誤與演進
Mario‧Livio

Date: 20160621
Version: 1

探討科學理論中對與錯

審視科學進步中曾出現過的錯誤，與其可能造成之原因與影響

科學的進步中，常常伴隨著錯誤的出現，而這個我深感體會，其實錯誤也是一種寶貴的經驗，在我的生物實驗中，常常為了找出某一個關鍵，而有幾百個不是那個關鍵，而這些失敗的關鍵在實驗完成後，就被放在一邊，但其實這也是一種成功，你至少知道了有幾百個不是這個實驗的關鍵，而這些資料或許可以減少其他人在同樣一個實驗中碰壁的次數，可以想像的是每個實驗成功發表的背後，有無數的失敗資料被遺失了，也可能無數次地碰壁只為了刪除這些不是者，可惜他們都不知道已經有人驗證過這是失敗的，而浪費了無數的時間與精力，這其實是非常可惜的。
在科學的進步中，往往是新的思想突破了舊的固執，但隨著時間的演變，這些新的思想也逐漸成了他們以往想要打破的舊的固執，而被後來的新的思想所突破，不斷地重複，汰舊換新，古人說得好：「尋道者，應如履薄冰。」

2016年6月30日星期四

塔羅牌練習-每日一牌(對於明天的引導)

基本規則：
大阿卡納-紫色
權杖-紅色
聖杯-藍色
寶劍-綠色
錢幣-黃色

6/29 - XIV Temperance 節制
關鍵詞：節制、平衡、健康、結合
隔天：由於我已經知道明天要採樣一整天，確實要多喝水平衡一下，不然可能會影響健康。結果，我發現好像是最近花錢花得有點兇，要節制了。

6/30 - XVIII The Moon 月亮
關鍵字：恐懼、幻覺、想像、迷惑
隔天：很平常的日常番，比較特別的就是昨天晚上作了一個夢，還不錯的夢，是一個可愛的小蘿莉的夢，很喜歡的感覺，比較符合想像的關鍵字。

7/1 - 聖杯IX
關鍵字：願望實現、滿足、感官的享樂
隔天：今天去道路駕駛，還蠻不錯的，比當初小客車好太多了，比較符合滿足或感官的享樂。

7/2 - XIV Temperance 節制
關鍵詞：節制、平衡、健康、結合
隔天：沒想到又是節制，難道是因為明天家裡沒大人的關係嗎？我還真的沒有節制，吃了一大堆東西，可見塔羅牌是給我們一個方針，但要不要遵守就是另外一件事了。

7/3 - 聖杯III
關鍵字：興高采烈、友誼、社群
隔天：今天認識了一個新來的約聘，跟我一樣之前也是做生物相關的實驗，還跟我同年齡。

7/4 - XV The Devil 惡魔
關鍵字：束縛、唯物主義、無知、絕望
隔天：今天沒有什麼特別的事發生，除了我看了一本書《追蹤開膛手傑克》，和查詢有關獅虎雜交的事情外，好像沒什麼跟惡魔有關係的。哈，剛剛想到早上開車忘了放手煞車，結果一直熄火，搞了快5分鐘，才發現原來是手煞車。

7/5 - Page of Pentacles 錢幣侍衛
關鍵字：產生作用、務實的、興旺的、信賴/值得信賴
隔天：今天去蘆竹區採了24的樣本，在36度的太陽底下，整個是超熱的啊！幸運的是今天有4個人一起動手做，所以才能在3個小時內採完24個點，真的是累啊！

7/6 - XIII Death 死亡
關鍵字：終結、過渡、變遷、消除、無可抵擋的力量
隔天：目前只知道明天會有強颱登陸，要多加小心注意。颱風來了，一路上都害怕突然下大雨，因為颱風天要去市政府備勤，很怕隔天雨勢太大沒有計程車可以叫，結果早上一起來根本沒下雨，爽賺一天榮譽假。

7/8 - 寶劍VII
關鍵字：逃跑、開溜、獨行俠的風格、隱藏的不名譽
隔天：今天沒甚麼特別的事發生。原本想要去參加TRPG，但因為害怕和其他種種因素，結果我還是退縮了。

7/9 - 權杖III
關鍵字：探索、遠見、領導力
隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

7/10 - King of Swords 寶劍國王
關鍵字：知性的、分析的、善於表達的、公正的、講求倫理的
隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

7/11 - 錢幣V
關鍵字：艱困時刻、健康不佳、拒絕
隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

7/12 - Knight of Swords 寶劍騎士
關鍵字：直率的/莽撞的、權威的/逞威風的、敏銳的/銳利的、知識淵博/固執己見、重邏輯/冷酷麻木
隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

7/14 - XI Justice 正義
關鍵字：正義、責任、決定、因果
隔天：為期一個月半的大客車訓練終於結束了，我也順利的考到大客車駕照了。

7/15 - VIII Strength 力量
關鍵字：力量、忍耐、同情、柔性的掌控
隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

7/16 - VII The Chariot 戰車
關鍵字：勝利、凱旋、意志、自我伸張、強硬的掌控
隔天：看到這張牌的時候，它讓我下定決心要來整理我的書櫃了，隔天我就把我的書櫃清理了一遍，現在感覺比之前好多了。

7/18 - XIII Death 死亡
關鍵字：終結、過渡、變遷、消除、無可抵擋的力量
隔天：今天出外勤回來就聽到火燒遊覽車的事件，這提醒了我們有關遊覽車逃生需要注意的事項。此外，在外勤途中，看到小客車闖紅燈撞到自行車，真的要注意啊！

7/19 - 聖杯IX
關鍵字：願望實現、滿足、感官的享樂
隔天：最近開始運動了，自從早上去學大客車就沒有運動了，已經很久沒運動了，是時候開始運動減肥了。

7/20 - Ace of Wands 權杖王牌
關鍵字：創造力、熱情、熱忱、信心、勇氣
隔天：很想要去投訴隔壁寢室的替代役，晚上不睡覺還把音樂開很大聲，真的有夠吵的。

7/21 - X 命運之輪
關鍵字：命運、轉捩點、變遷、個人的願景
隔天：結果晚上室友就投訴到管理人那，請管理人投訴到隔壁替代役的管理人那邊，結果晚上就安靜了。

7/24 - Knight of Cups 聖杯騎士
關鍵字：浪漫的/過度情緒化的、富想像力的/好幻想的、敏感的/喜怒無常的、優雅的/過度矯柔的、內省的/內向的
隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

7/26 - 權杖III
關鍵字：探索、遠見、領導力
隔天：最近在看量子力學的書，寫下一些個人的感悟如下：量子因為觀察而塌陷，生命也屬於量子，因此生命也因觀察而塌陷，導出"誰"觀察，推測為"我"，此外，世界亦屬於量子，世界亦因觀察而塌陷，故世界因"我們"而存在，世界是觀察者的世界，單一是量子，而大量則是平均隨機，因此得出統計物理，故世界是統計物理的世界，即觀察者是統計物理，或者說"我"是統計物理。

7/27 - Knight of Wands 權杖騎士
關鍵字：有魅力的/膚淺的、自信的/傲慢的、勇敢的/有勇無謀的、愛冒險的/靜不下來的、熱情的/急躁的
隔天：今天接到一通公司徵司機的電話，可惜我還要半年才能工作，真不知道這些公司到底有沒有看我的履歷，究竟誰會要還需要半年才能工作的人呢？所以我決定先把履歷關閉，等快到年底再說。

7/28 - 金幣VI
關鍵字：有/無：資源、知識、力量
隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

7/31 - XVIII The Moon 月亮
關鍵字：恐懼、幻覺、想像、迷惑
隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

8/2 - 寶劍VI
關鍵字：憂鬱、復原、旅行
隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

8/4 - XII The Hanged Man 吊人
關鍵字：釋放、逆轉、暫停、犧牲
隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

8/11 - VIII Strength 力量

關鍵字：力量、忍耐、同情、柔性的掌控

隔天：因為吃壞肚子再加上體重過重，開始節制飲食，這真的需要毅力與忍耐。

8/14 - III The Empress 皇后

關鍵字：母性、豐足、感官、自然

隔天：今天看了LoveLive!，真的很好看，決定入坑了。

8/15 - Page of Pentacles 錢幣侍衛

關鍵字：產生作用、務實的、興旺的、信賴/值得信賴

隔天：今天跑上幫忙會計主任修電腦。

8/16 - 權杖X

關鍵字：過度操勞、負擔、掙扎

隔天：最近運動後腳有點痛，在考慮要不要休息一天，結果看到這張牌，所以決定先休息一天，隔天再繼續。

8/17 - 金幣IV
關鍵字：佔有、掌控、改變受阻
隔天：今天從辦公室拿了一些餅乾回來，不拿白不拿。

8/18 - IX The Hermit 隱士

關鍵字：內省、追尋、指引、孤獨

隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

8/21 - Page of Wands 權杖侍衛

關鍵字：富創造力的、熱心的、自信的、勇敢的

隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

8/22 - VII The Chariot 戰車

關鍵字：勝利、凱旋、意志、自我伸張、強硬的掌控

隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

8/28 - VIII Strength 力量

關鍵字：力量、忍耐、同情、柔性的掌控

隔天：今天開始看第二遍國考的書了，真是需要有耐性。

8/31 - Ace of Wands 權杖王牌

關鍵字：創造力、熱情、熱忱、信心、勇氣

隔天：發現小說背景設定-5裡還有很多東西可以寫，繼續努力中。

9/1 - 錢幣III

關鍵字：團隊合作、計畫、勝任

隔天：太久沒記，我也忘了。

9/6 - XV The Devil 惡魔

關鍵字：束縛、唯物主義、無知、絕望

隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

9/8 - 錢幣X

關鍵字：豐足、永恆、常規

隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

9/12 - Knight of Cups 聖杯騎士

關鍵字：浪漫的/過度情緒化的、富想像力的/好幻想的、敏感的/喜怒無常的、優雅的/過度矯柔的、內省的/內向的

隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

9/25 - King of Cups 聖杯國王

關鍵字：睿智的、冷靜的、有外交手腕的、關懷的、寬容的

隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

9/27 - Knight of Swords 寶劍騎士

關鍵字：直率的/莽撞的、權威的/逞威風的、敏銳的/銳利的、知識淵博/固執己見、重邏輯/冷酷麻木

隔天：結果今天又放颱風假了，雖然桃園的風雨沒有很大。

9/28 - 錢幣VIII

關鍵字：勤奮、知識、細節

隔天：今天又寄信給面試官，準備開始讀有關品管的書籍了，MySQL也快要學完了。

9/29 - VIII Strength 力量

關鍵字：力量、忍耐、同情、柔性的掌控

隔天：今天沒甚麼特別的事發生。

10/04 - 錢幣VII

關鍵字：評估、報償、改變方向

隔天：今天去新屋區公所幫忙農民辦理災害補助申請書，看了很多地契，字寫得真的有夠醜。

10/05 - Queen of Wands 權杖王后

關鍵字：富吸引力的、真摯熱忱的、精力充沛的、興高采烈的、信心十足的

隔天：今天繼續去新屋區公所，幫很多農民準備風災補償的文件。

10/06 - 權杖III

關鍵字：探索、遠見、領導力

隔天：

8/22 -

關鍵字：

隔天：

8/22 -

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隔天：

8/22 -

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8/22 -

關鍵字：

隔天：

2016年6月11日星期六

小說背景設定-4

Date: 20160611
Version: 1

人類與動植物進行融合。

動植物=動物、植物和真菌，即真核生物類，故世界上還是保留著細菌和病毒可以造成疾病，另外，也因為與動植物融合，動植物相關的植病也會在人類身上發生。

"目前，在研究中，唯一例外的是藍綠藻，或稱藍綠菌，屬於原核生物。" <= 待疑

經融合後，可進行變形，即完全體變形和部分變形，單純變化出貓耳是可行的。

等級劃分為三階，1) 普通種，即現今社會上的動植物，2) 古代種、幻想種、傳說種、上古種、史前種、未來種或者是混合種，帶有不同於現今社會上的動植物，會帶有特殊能力，並開始接觸到法則的存在，3)跳脫出肉體上的存在，開始接觸法則的應用與領悟。

融合後，並非只融合一部分，而是類似動物果實的方式，可選擇專精天賦，例如：種類不同、二次覺醒不同(即2階選擇不同)。

融合兩種以上的動植物 => 二階中的混合種，混合愈多，難度愈高，不論是融合的難度或者是進階的難度，至於會不會比較強，就要看個人的智慧。

在二階進階時，選擇能力必須跟一階有所關聯，不可能無緣無故地從A進化成B，只能是A進化成A'之類的，例如：貓科可以進化成劍齒虎，但犬科則無法，爬蟲類才能進化成恐龍相關類型......等。

至於某些特殊能力則無限制，但一般來說會選擇擅長或適合的類型。

鳥類在進階時，可以選擇三足金烏(尤其是烏鴉類)，之後可以修行太陽法則、或稱日之法則。

生存法則，即繁衍法則加上進食法則。

這種融合究竟是隨機的，還是可自選的呢？就像異能也可以是隨機或是自選。

可能產生以下幾種不甚道德的事：
1. 從獅虎雜交得知，可以透過雜交產生新的品種，只要可以產生，就可以透過不自然的方式產生新的品種。
2. 既然可以把動植物融入人體，那是不是也可以把動植物融入動植物中，只要產生穩定的品種，就可以把這新品種當成普通種融入人體，等於在第一階段就可以間接拿到第二階段的特點。
3. 如果可以把動植物融入人體，換句話說，人也是一種動物，所以把人融入人當中呢？或者是把融合過的第一階段、第二階段或是第三階段融入人體中呢？

2016年6月8日星期三

小客車逕升大客車

Date: 20160608
Version: 1

Day 1
因為沒開過手排車，因此教練先讓我開手排小客車練習離合器。

Day 2
繼續熟悉離合器，不過換成大客車，先繞大圈，熟悉踩放離合器。

Day 3
練習倒車入庫，可惜一小時內成功沒幾次，下次可能要求教練在讓我繼續練習。

Day 4
開始練習S型路線，對於轉彎的要求更高了，成功率大概三分之一吧。

Day 5
繼續練習S型路線，成功率已經有三分之二了。

Day 6
開始進入考試路線，多了路邊停車和T字型路線，一次教的內容有點多，反應不過來啊！

Day 7
開了一圈考試路線後，教練讓我回去在練一下S型路線。

Day 8
終於可以比較順的開完考試路線，對大客車的掌握也好上不少。

Day 9
開始自主練習考試路線，大致上OK，除了倒車入庫需要再加強。

Day10
看樣子要繼續自主練習考試路線，除了上坡停車還沒教之外，其他的都差不多了，大概要注意的就是打方向燈的地方，不要忘了打。

Day11-12
一樣繼續自主練習，只是雨超大的，除了倒車入庫時穩時不穩，其他都可以順利過關，下次要教練再教一下倒車入庫才行。

Day 13-14
繼續自主練習，不過要提醒教練還沒教上坡停車，倒車入庫時好時壞，還需要多多練習。

Day 15-16
教了最後一項上坡停車，不能熄火，第一天大概只有25%成功率，不過第二天就有50%了，再練一個禮拜應該就可以成功了。再來說說駕訓班的事情好了，課程大概1.5個禮拜就教完了，所以剩下時間就是自主練習，而教練就會去接下一梯次的學生，也就是說每一到兩個禮拜就會開課一次，換句話說，每一兩個禮拜就會有證照考試，考試當天場地是留給要考試的人用的，所以其他學員就放假，也就是說，每一到兩個禮拜就會放假一次，大概就是這麼一回事啦！

Day 17-18
現在上坡停車的成功率已經有75%了，只要把電扇關掉，就可以明顯地聽出離合器放開的聲音，這時後再放開剎車，就不會熄火了，大概再兩三個禮拜課程就結束了，大概7月中會進行考試，繼續練習吧！

Day 19-21
現在基本上都能順利過關，因為最近是農忙時期，要幫忙稻米採樣，所以這禮拜請了幾天假，目前預計再兩個禮拜7/15(五)就要考試了，希望可以一次過關，沒過的話還要再繳1000塊的報名費，哇！明天7/2(六)要去道路駕駛了，真的是非常刺激。

Day 22
今天道路駕駛，感覺還不錯，比當初小客車道路駕駛好多了，一路順遂，直到在馬路上才發現2檔好慢喔！大概都是用到4檔或3檔，還沒用到5檔，唯一的缺點大概就是起步太慢了，離合器的踩放需要多加練習。

Day 23
今天花了一部份的時間練習上坡起步，因為換了另一台車，這台車的上坡起步有點難開，需要多加練習，今天查了許多資料，很多人都建議去開貨車而不是公車，而家人也反對我去開貨車或公車，希望我能找一些文職的工作，還有半年就退伍了，真不知道要找什麼工作啊？。

Day 24
今天發生了一件超蠢的事，上坡起步時發現一直熄火，開開停停將近5分鐘，後面排了一堆車，結果發現原來是手煞車忘了放，結果就GG了。

Day 25-28
這禮拜五要考試了，基本上這禮拜都是在練習考試路線，目前狀況不錯，已經沒有意外出現了，理論上星期五應該可以順利過關。

Day 29
為期一個半月的大客車課程終於結束了，今天很順利的考完道路駕駛，下禮拜就可以拿到駕照了，六個月後可以考聯結車，最近的好像在中壢有一家，不過那時候應該退伍了。
考試只要平常有練習，真得還蠻輕鬆的，因為我是最後一個，考查員還下車透透氣，還蠻簡單的，順利過關，沒有被扣到分。

Day 30
一個禮拜後去拿大客車駕照，三個月後可以去考筆試(機械常識)換職業駕照，換取後可以去上課拿交通部公路總局大型車職業駕駛人定期訓練證明，理論上10月中就可以作上述這些事情了。

2016年5月23日星期一

彩虹小馬─論Cutie Mark

Date: 20160608
Version: 5

從影片中有關cutie mark的片段，進行對cutie mark的總結與推論。

~~轉自維基百科~~

可愛標記(Cutie Marks)

每一位小馬在一生中會獲得，象徵才賦、性格或天命的重要標記，長在屁股上(確切來說是後大腿上方)左右各一個，而兩側的標記有的會是一樣的，有的則會依照左右不同呈鏡像翻轉。
每一隻小馬出生時是沒有的，要直到發掘出自己的長處、特色或是與生俱來的天命後才出現。( 例如一隻小馬的長處是工程，那可愛標記可能是扳手標記 )
沒有可愛標誌的馬通常會被稱為「白屁屁(Blank Flank)」，而通常用這個詞稱呼其他馬多半具有歧視或嘲笑的意味。

1.

MLP_S01E01
月之馬，夢魘之月，Luna黑化後，其cutie mark是否改變？

MLP_S01E02
Princess Luna回歸後，其cutie mark改變了顏色組成。

說明 → cutie mark 可以受到外力而改變。

備註：(Elements of Harmony)

Twilight Sparkle: Magic

Applejack: Honesty

Rarity: Generosity

Fluttershy: Kindness

Rainbow Dash: Loyalty

Pinkie Pie: Laughter

2.

MLP_S01E12

影集當中第一次介紹cutie mark，以及cutie mark crusaders的成立。

~~語錄：摘自好色龍翻譯影片片段~~

當他們發現能造就自己特色的事物時！
當可愛標誌出現在側腰上時，代表他或她發現了讓自己與眾不同的事物！
可愛標誌是要自己去發掘的！
就算是魔法，也不能讓可愛標誌提早出現的！

說明 → 魔法無法使cutie mark出現，推測cutie mark可能是更高階的存在。

說明 → 即便外人可能知道你的獨特之處，但只要自己沒醒悟過來，還是沒辦法覺醒cutie mark，換句話說，外人無法提醒你的獨特之處，即使外人知道你的獨特之處，推測冥冥之中有一股力量讓外人不會去提醒，這股力量有可能同樣來自於高階的存在，cutie mark。

3.

MLP_S01E12、MLP_S01E16、MLP_S05E09

除了第12集有提到cutie mark，其他兩集跟cutie mark沒有什麼關連，但在影片中個人發現了一個有趣的情況，那就是具有相同cutie mark的pony出現在劇情中，而且還是不同品種的。

說明 → 從S05E09我們可以知道這頭陸馬是Dr. Hooves，是對Dr. Who致敬，而且擅長科學以及對"時空旅行"的著迷，並且從相同的cutie mark、品種和鬃毛，筆者推測S01E12出現的陸馬就是Dr. Hooves，並推測其cutie mark是對於時空旅行的一種象徵，因沙漏本身是用來計時的工具。

說明 → 而S01E16出現相同的cutie mark，但卻是一隻天馬(暫時代稱S01E16天馬)，品種完全不一樣，但其cutie mark卻相同，筆者推測有兩種可能，第一就是劇組的失誤，沒有料想到之後在S05E09會用在Dr. Hooves身上，但假設這是真實的世界，也就是這不會是失誤的話，一切存在即合理，那第二種可能就是，即使是相同樣式的cutie mark，也可能會具有不同的象徵意義。

說明 → 從S01E16到第一季結束，從劇情來看都沒有涉及到時空旅行的概念，推測至少S01E16天馬的cutie mark並不是時空旅行的象徵，而考慮到他會參加飛行比賽，表示他對其飛行的速度有一定的期待，故筆者推測其cutie mark象徵的可能是飛行的速度、飛行的時間，或者說擅長掌控時間，當然如果是精準地掌控時間，用時鐘或手錶代替可能會更好。

4.

MLP_S01E17

從這一集開始，可以看到cutie mark crusaders開始他們的嘗試之旅，嘗試各種事情來挖掘自己的獨特天賦。

5.

MLP_S01E18

從這一集中，cutie mark crusaders有了自己的秘密基地，之後會有許多集在探討cutie mark crusaders如何獲得自己的cutie mark。

說明 → 在這集的一開始介紹了三位小馬的擅長的天賦，從劇情當中，這三位小馬都對彼此的天賦有所了解，甚至都有開口說明彼此擅長的事物，但只要自己沒有確認到真實，他們還是不會覺醒自己的cutie mark。

說明 → 在片尾時，Twilight很明顯知道這三位小馬擅長的事物，連這位來小馬鎮18集的Twilight都知道，沒道理鎮上的其他人或家人不清楚這三位小馬擅長的事物，而這麼多馬裡沒有一隻想告訴他們真正的天賦是什麼？很明顯其中有股力量在影響著大家的思維，就像哈利波特中的九又四分之三月台，在大庭廣眾之下麻瓜會沒看到有人鑽到牆壁裡去嗎？這是因為施加了魔法，讓麻瓜們下意識地迴避了這個區域，而在本影集中，應該是比魔法更高級的存在，cutie mark，讓其他小馬們下意識地迴避了這個想法(告訴他們真實天賦的想法)，即使告知其他小馬(如影片中的Apple Bloom)，其他小馬也會下意識地迴避掉這句話，只要他們沒了解到自己的真實。

6.

MLP_S01E23

在這一集當中，介紹了六位主角如何獲得cutie mark的過程，他們發現這都來自於Rainbow Dash的sonic rainbow。

說明 → 從上圖可以看到，六位主角獲得cutie mark的過程都來自於sonic rainbow的契機，從影片來看sonic rainbow並沒有在當下賦與六位主角cutie mark的能力，而是類似板機的作用，誘發他們對於cutie mark的探索，了解自己的cutie mark。
說明 → 偶然必定是必然，在六位主角齊聚小馬鎮之前，他們就有所關聯，在那時也代表著他們將在未來有所連接，這可以說是命運的安排，亦或者是cutie mark對於六位主角的安排，而這樣的安排遠高於主角所在的層次。
說明 → 從影片得知外力無法讓他們獲得cutie mark，但可以誘發他們對於cutie mark的探索，在其中一幕，Rarity被她的角拖著走，還不如說是，something透過她的角施展魔法拖著Rarity往前走，而這個something必然高於魔法的存在，亦或者就是cutie mark本身，cutie mark透過魔法引導Rarity前往可以誘發cutie mark的地方，這表示cutie mark本身就了解到主體所欠缺或需要的東西，而這引申出一個問題，究竟cutie mark在一出生就決定了，還是透過先天和後天的交互作用而產生的呢？在Rarity被引導的前一幕，我們可以看到她說的一段話「我試過了所有的方法，但似乎沒一樣有用，戲服的感覺就是不對，而明晚就要表演了」，而這句話產生了急迫性和必然性，急迫性就是時間的流逝，而必然性則是主角冥冥之中了解到自己需要什麼，或者是欠缺什麼，在這樣的前提之下，也只有在這樣的前提下，cutie mark透過魔法引導Rarity找到欠缺的一塊拼圖，這表示cutie mark需要在了解到主角的意志之下才能有所發揮。

2016年5月11日星期三

予豈好辯哉─傅佩榮評朱注四書
傅佩榮

Date: 20160511
Version: 1

介紹四書的書

用朱熹注釋四書來了解四書

朱熹注釋了四書，包含論語、孟子、大學和中庸，而傅佩榮教授分析朱熹所作的注釋，在朱熹注釋之後，有許多後人認為朱熹解釋得不對，例如《四書改錯》就是其中一本批評朱熹注釋的書籍，但就筆者認為這些書籍都是主觀的存在，都是作者用他自己的方式來詮釋，所以沒有人絕對的對，也沒有絕對的錯，因為這些人都不是當初的作者，沒有人知道他們當初想表達的意思是甚麼，而這也是其中最有趣的，每個人都有自己對於書籍的詮釋，從詮釋當中可以看到自己所欠缺的，但要記得這些詮釋都不是你的，不要被各種詮釋所影響，你需要的僅僅是適合你的詮釋，不論對錯，就像我現在寫的心得，你也不需要去接受他。
子曰：「攻乎異端，斯害也已。」，除了朱熹的解釋(楊、墨、佛氏之言)，和傅佩榮的解釋(批評與自己不一樣的)之外，我在寫上我在網路上看過的一段，所謂異端，就是指一根棍子的兩端，也就是兩個極端，而走在極端是有害的，因此，要走在棍子的中間，也就是中庸之道，這不也是一種不錯的解釋嗎？

2016年4月15日星期五

小說背景設定-1

Date: 20160319
Version: 1

一元：異能
兩儀：能量、精神
三才：天(時間、歷史)、地(空間)、人

異能等級劃分：不依靠潛力論上限無極限，因此下限愈低潛力愈高，因此異能等級劃分是對異能的掌控與發揮的分級。

目標：對異能的掌控與發揮是用學習相關知識融入異能中，並發揮該知識的力量，因此，在這個世界裡，讀書是為了自已，由自亡掌握自亡心裡所想的異能。

Q：如何避免產生普通人與變種人對立的衝突與仇視？
A：X-man中，兩者不平等，所有人都有X-gene，但有的覺醒，有的沒有，在知識與數量上的不平等產生了衝突。
解決：政府介入，訴諸權威，人人平等，淺移默化當中。
歷史：地球統一政府，幼教，覺醒。

能量須求：高能量食物 or 功法
應以念力為基礎，不須要功法，乃凝聚身體的生命能量，因此情緒(精神)才能影響到外在表現。

歷史：沒有魔獸、妖獸之類，乃是人類自然而然的一種進化。

Ex：控血異能：if學習
1. 流體力學→像控水一樣
2. 幹細胞→恢復能力，再生
3. 吸血鬼相關知識→血族相關能力

Ex：控電：if學習
1. 電磁學→電磁砲
2. 電磁學 + 金屬學→控金屬
3. 響雷果實→元素化
4. 神經傳導→奇犽的念能力

因此，學習是為了自已，而且會不間斷地學習下去，活到老學到老，只因想要變強。

社會：不只有戰鬥人員，也須要生活人員。

能量 <--> 肉體、血脈、DNA
精神 <--> 靈魂
↓ ↓
驅動決定
↓ ↓
異能

教育：
基礎(學科) --> 基本能力(教育)、異能相關
能量(術科) --> 覺醒、修練

政府：
對外：地球聯邦(擴張、探勘)(統一)
對內：洲聯邦(資源、勢力)(競爭)
立法統一義務(異能覺醒)、全民免費、定期施打、時間愈久保守勢力逾低
政府集權(武力)(高端武力)
軍人

異能分級：

八條目

平天下
治國
齊家
↑
修身
↑
正心
誠意
↑
致知
格物

三綱領

(一階) 明明德<=格物、致知、誠意、正心、修身 (1-5段)
↓
(二階) 親民<=齊家、治國、平天下 (6-8段)
↓
(三階) 止於至善 (9段)

三階九段

學院：將學習的內容相近的編為一個學院，類似現今的文學院、理學院，參考台大、臺藝大、科技大學內的學院分類進行編排。

法醫‧屍體‧解剖室：犯罪搜查216問
D.P.萊爾

Date: 20160415
Version: 1

介紹有關屍體的犯罪手法的相關書籍

利用問答的方式來解答讀者對於犯罪的困惑

作者利用一問一答的方式來幫助讀者對於屍體鑑定與犯罪有更深入的了解，作者用自身醫學的角度來講述可能的犯罪手法，有怎樣的因，會造成怎樣的果，而提問者許多都是以偵探小說為出發點，想了解自己安排的劇情是否合於科學，畢竟並不是所有的人對於如何犯罪與犯罪的結果有深刻的了解，所以才有了這篇問答集，而在問答中常常可以發現有許多在美國影集中常常出現的橋段，所以如果你對於影集中主角對於屍體的詮釋有疑問，不妨來看看這本書，說不定裡頭就有那個橋段也說不定。

2016年3月31日星期四

蝙蝠俠對超人：正義曙光
班·艾佛列克、亨利·卡維爾

Date: 20160327
Version: 1

劇情：
故事敘述出自高譚市的治安守護者「蝙蝠俠」將要前往大都會挑戰最受崇敬的現代救世主「超人」。當雙方處於交戰狀態時，一個新的威脅「毀滅日」將使城市混亂，讓人們陷入更大的危機之中。

感想：
1. 我認為主要是劇情片，輔以動作片加成，還算一部賞心悅目的影片，所以如果你想看動作片的話，可能會有點失望，裡面劇情偏多，就不知道美國隊長3是否也是這樣？畢竟內戰也是一個沉重的話題，但漫威一向是爽片的代表，所以不清楚美國隊長3是如何呈現。

2. 稻草人的恐懼藥劑實在是太厲害了，連外星人都有效，太厲害了。

3. 蝙蝠俠打超人那一幕，前面打得很精彩，結果後面一句"瑪莎"，就結束了，雖然這是為了接續後面的劇情，但實在是轉的有點硬，有點虎頭蛇尾的感覺。

4. 其中有一幕是閃電俠，從未來跑回來說"露薏絲·蓮恩"是關鍵，我猜測是在說不義聯盟的故事，小丑差掉超人的女朋友然後，超人就動手殺了小丑，並建立集權政府的故事，我還蠻喜歡不義聯盟的故事，希望之後有機會拍出來。

5. 神力女超人的部分，我覺得除了最後一場戰鬥出來秀一下之外，其他部分神力女超人就向路人一樣路過而已，不過她的出場曲真的不錯聽。

6. 最後，反派的部分，雷克斯·路瑟和末日實在是有夠掉漆的，雷克斯·路瑟可是反派頭目，一下子就去監獄了，然後末日可是幹掉過超人的，結果被三巨頭幹掉，真是太弱了。

7. 為啥外星人的太空船是用指紋辨識啊？這太奇怪了吧？有這麼簡單就可以進去，政府是在耍甚麼白癡嗎？

2016年3月27日星期日

小說背景設定-3

Date: 20160327
Version: 1

無限恐怖，在經歷過劇情後會得到支線劇情和點數，以兌換各種能力，但無限恐怖之主旨，不就是利用恐懼來激發人的潛能來打開基因鎖，那為什麼"能"兌換能力呢？一旦兌換能力，潛意識就會認為有了依杖，這可能會阻礙無限恐怖之目的，我們需要的是激發潛能，不是需要你兌換各種能力。

所以，如果取消能力這一項的話，可能有幾種方案：
1. 完成劇情後不會獲得支線劇情和點數，這樣就沒辦法兌換能力
2. 主神空間並不提供兌換能力的服務
3. 回到主神空間後，會移除身上所有的能力

但換個角度來想，如果兌換能力後，可以接受更高的恐懼，這樣是否可以更激發人的潛能呢？如果普通人是1(恐懼接受度)，那兌換能力後變成5，這樣是否可行呢？但若激發潛能，恐懼接受度就會提升，畢竟解開了基因鎖(或激發潛能)，所以就可以接受更高的恐懼，這樣一來，也不需要兌換能力了啊！

但是如果沒有各種能力的出現，故事也就失去一大特點，無限恐怖中最讓人著迷的就是各種能力的搭配，所以有各種能力這點一定要保留。

所以換個方式，改成巫師空間，巫師是用智慧與知識走在進化的道路上，並不是說就忽視肉體的力量，像練體巫師或者是血脈巫師也是走在肉體的進化到路上，空有肉體沒有智慧和知識是不行的，所以改成巫師空間。

再者，作者認為既然要進化，這些養殖小隊、惡魔小隊、天使小隊，甚至所有小隊都不應該存在，巫師是一個獨立的個體，是一人走在進化的道路上，合作只是為了更好達成目標，所以不能以團隊的方式去建立每個人的能力，再者，養殖小隊之所以能成立，也只是因為前者比後者更先來到這個世界，利用優先權的方式，一種非自身努力的結果來成就自己，這絕對不是一個想要人類進化該有的方式。

故事：一位穿越成為巫師，並且成就無上偉業後回到地球，他製作了一件神器"巫師空間"，希望能幫助地球走上進化之路。

2016年3月26日星期六

愛，是一個故事(Love Is A Story)
Robert J. Sternberg, Ph.D.

Date: 20160316
Version: 1

一本介紹愛的關係的書籍

用故事來闡述愛的關係

這一本書是在成功嶺新訓的時候，講座推薦的一本書，起初我以為是一本介紹甚麼是愛的書，但其實不然。作者在一開始對愛的定義是由三種元素構成，親密、熱情、承諾，也就是這個讓我以為作者可以透過這三種元素來分析"愛"，但後來作者改變了想法，認為愛是一種關係，愛是一個故事，愛有各種故事，每一對之間都有屬於他們的愛的故事，因此，作者介紹了26種愛的故事，而每一種愛的故事都提供了兩則真實的故事讓讀者了解，並且作了量表來讓讀者可以測驗一下自己是屬於哪一種愛的故事，人是盲目的，很難自己了解自己是處於哪一種關係中，因此才需要量表的幫助，但作者也說了這26種只是其中一部份，世界上有許多各式各樣的愛的故事，這需要人們自己的體會。

說真的，看完這本書，我還是不了解甚麼是"愛"，因為學校從來沒教過甚麼是愛情，沒教過如何教男女朋友，這也是我一直無法理解的東西，到底是甚麼樣的因素讓兩個毫無相干的人變成男女朋友，為什麼這兩個毫無相關的人會彼此信任呢？為什麼有人認識沒多久就結婚了呢？怎麼可能在這麼短的時間內了解一個人呢？正所謂知人知面不知心，你怎麼了解一個人的內心在想甚麼呢？你怎麼可能去相信一個你不了解的人？你怎麼會知道哪天你在睡覺時，你的枕邊人從枕頭底下抽出一把刀，面無表情地往你身上捅下去(BTW，這是我的夢)，你有想過會發生這樣的事嗎？這也是我一直無法理解的事情。希望哪一天我可以了解到甚麼是"愛情"。

新訓+專訓心得

Date: 20160315
Version: 1

這一篇主要是講述對於新訓和專訓的心得，上兩篇比較像是對於新訓和專訓的一些描述。

我一月底畢業，二月過完年就要入伍了，在入伍的前一個禮拜，我常常腹瀉而且還有耳鳴的現象，我還以為我都不緊張呢！沒想到我會緊張成這樣，不過，幸運的是我有高中同學要一起入伍。
入伍之後，對於大部分的事情我都還蠻好適應的，唯一沒辦法的是睡覺，我只要有噪音就會沒辦法入睡，因此，入伍的前四天根本都沒睡，大概從第五天開始才慢慢地睡了一點，也多虧有成功嶺的這段經歷，出來成功嶺之後，不管是專訓還是在替代役中心，我都睡得還不錯，這真的要感謝成功嶺的這段經歷。
我的中隊是二中隊，不管是區隊長還是分隊長其實人都還不錯，如果你有問題都可以詢問他們，他們也會盡可能的幫助你，所以我其實對成功嶺這段經歷是不錯的，沒有奇怪的隊長，也沒有奇怪的同梯，大家都很好相處。
在成功嶺期間，曾因為生病要去轉診，這經驗是蠻難得的，當你坐在遊覽車上駛出成功嶺之後，看到路上各式各樣的商店，你會發現原來我還在世上，並不是與世隔絕的，那種感覺真的是無法形容出來的，雖然生病不太好，但這樣的經驗也是頗難得的。
在放假前，看著其他人先行離開，那種感覺真的不是很爽，還好我是因為要等我同學才一起留下來，所以我倒是覺得也還好，當然，如果可以早點走當然是早點走啊！
在成長體驗營中，最讓我難忘的是許願池和垂直降落，站在高處且身上只有一條繩子綁住時，要往前奮力一跳抓住欄杆，那真的是非常刺激，而垂直降落時，要背部朝後，往後仰的慢慢走下去，那時後說真的非常緊張，怕手一滑繩子鬆了，我就直接掉下去了。
而專訓的時候，我只能說非常的爽啊！從一個有各種規定的地方，到一個沒人管你的地方，那真的不是普通的自由啊！除了上課之外，其他時間沒有人管，你愛去哪就去哪？真的比其他替代役專訓爽上好多呢！
整體來說，我認為成功嶺要給我們的是一種紀律，當我們還沒進去前各種散漫，但當我們去來之後，才了解到自由是多麼難能可貴的。

小說背景設定-2

Date: 20160326
Version: 1

主題：天使與惡魔

虛幻世界(天堂與地獄) vs. 物質世界(人界)

虛幻世界依靠物質世界而存活

第N次聖戰(宗教 or 種族)

天使/惡魔 => 憑依人類
附生
復生
寄生
共生
融合

但在人類世界不會有善惡大戰、種族對立

天使/惡魔
1. 從小到大，與人類有高度契合
2. 成熟體，與人類協同合作

能力：與人類共同產生(參考"武器種族傳說"、"驅魔少年")，當戰死時，天使/惡魔脫離，能力保留，尋找下一位適合者，能力可能與下一位適合者產生變化

天使種族與成長
惡魔種族與成長

第三類：天使、惡魔、魔鬼

2016年3月15日星期二

替代役專訓

Date: 20160312
Version: 1

我選擇的役別是農業服務役，需用機關為農委會動植物防檢局，服勤單位是桃園市政府，專訓是一個禮拜，因為我們的服勤單位不在台北，所以非台北地區服役的替代役是住YMCA台北青年國際旅館。

專訓期間大概是這樣的，星期日下午回成功嶺，但不包晚餐和盥洗，所以請先吃飽洗完澡再回去，隔天一大早會要我們把寢具整理出來要送洗，然後發一些麵包當早餐之後，就背著黑大去集合，流程跟役別甄選一樣，喊到你的役別就出去集合，之後會由需用機關的人員帶你們到要專訓的地點，之後專訓就是在上課，早上一節，下午兩節，上一些關於之後服勤的一些業務資訊，最後星期五早上會進行考試，也就是專訓成績，但因為我們已經分好的原故，所以考試只是一種形式罷了，下午則是由服勤單位派人來接送。所以嚴格說起來，專訓只有三天，加上第一天的撥交，最後一天的考試和撥交，總共五天。

我們的服勤單位是在市政府農業局農務科，撥交之後會帶到桃園體育館居住，也就是之後一年的住宿地點，環境跟大學宿舍類似，4~6人一寢，床組和櫃子都有點舊了，沒有專屬的桌椅，而且需要路由器(因為只有一條網路線)，至於住宿管理辦法，因為我還沒入住的關係，等我住宿後我在進行補充管理辦法和住宿相關事宜。

2016年3月5日星期六

替代役新訓

Date: 20160305
Version: 3

新訓16天終於結束了，也順利回到家了，趁六日有空把新訓的相關事宜紀錄一下。

我是161梯一般替代役，進入台中成功嶺受訓16天。

我會以條列式的方式進行整理，有比較重要的會再補充。

1. 第一天主要是搭車、體檢、領用服裝以及分組(分成幾個分隊，例如: 我是第九分隊)，當天行程很趕，有非常多的事情要做，最後進入宿舍前會進行安全檢查，所以還是盡量不要帶入違禁品(雨傘也是)，其中，領用服裝都是領前人留下來的衣服，在裡面內衣、內褲和襪子為基本款，每天送洗，但其他的部分大概是五六天洗一次，包括運動服和制服，所以進行要先習慣不怕髒。

2. 從第二天開始，幹部們都會開始要求各種紀律來把我們在外面的懶散驅除，所以在裡面就是聽話，一個口令一個動作，不要多作也不要少作，這樣會過得比較輕鬆。

3. 從第二天開始，會開始上一些課程與基本教練(立正稍息之類的)，日常生活大致上如下：起床(6:00 a.m.)-->跑三千-->吃早餐-->上課-->吃午餐-->午睡-->上課-->吃晚餐-->補教時間(較為輕鬆)-->盥洗打電話-->就寢(9:40 p.m.)-->循環，生活很規律的。

4. 裡面的飯菜，基本上沒有甚麼味道，但為了補充體力，能吃多少是多少，最主要是為了可以正常大號比較重要。

5. 之後會教替代役之歌，然後會進行替歌比賽，有得名有加分，只取六名，盡量就好。

6. 另外補充，裡面會有器材班和打飯班，器材班主要是班一些上課用的器具為主，而打飯班則是負責早午晚三餐進行打飯與飯後收拾為主，最後是過水班，主要是用各分隊輪流的方式來負責飯後洗碗筷的，本人是器材班，說真的器材班還滿爽的，平常就搬搬東西，還不用過水，只是我這梯內務被扣暴，所以大部分都是正常假和罰二，有點慘，而打飯班真的很辛苦，午睡又會被壓縮，真的很累，但是有加分。

7. 說到加分，就要講到正常假是4點離開成功嶺6點回來，罰二是6點離開6點回來，榮二是2點離開6點回來，榮四是12點離開6點回來，榮六是12點離開8點回來，罰四是6點離開4點回來，剛進去的時候，就會有人說才差兩個小時有差嗎？你待完16天你就會發現真的有差，看別人先離開心裡真的很幹！！！

8. 三千越野徒手跑步，如果平常沒在運動，一下子跑上下坡，很容易就受傷了，在加上這次A型流感很嚴重，每天醫護所滿滿的都是人，嚴重的或裡面不看的就會要你去轉診，會到附近的國軍醫院進行看診，大概半天就會不見了。

9. 此外，還有戰鬥阿嬤的課，誠心建議真的要去參加一下，我們最後一次的時候，剛好她的女兒沒辦法上課，我們就跟老師聊了一整節課，超有趣的。

10. 最後，當然是大家最關心的役別甄選，役別甄選主要流程如下：集合-->按照想要選擇的役別分別出去(前方會有人拿告示牌，跟著走就行了)-->進行排序(如果超過就進行抽籤)-->第一階段時間結束-->集合-->第二階段開始-->流程同上-->第二階段結束-->若還是沒有選到，隔幾天後，會統一進行抽籤分發。役別甄選的公告在頭幾天就會發下來了，趕快確認一下自己想選的役別，之後上課會統一公告這梯次碩博學士的人數統計，例如：161梯的博士畢業18、博是肄業14、碩士畢業277、碩士肄業254、學士畢業大概800左右、學士肄業大概500左右，然後你就可以自己算算看，然後到了現場之後問問其他鄰員的學歷，看看自己有沒有機會上。以161梯為例，這次需用人數比役男多50名，所以理論上都會上，而且這梯是今年第一梯再加上有的機關是一年一梯，所以有很多新的需用機關可以選，而且選完後之後的學弟們就選不到了，所以第一梯進去也是有好處的，選完後會告之專訓地點與時間，之後會於撥交日統一帶出，另外，有的役別連地點都會確定好(例如：農業試驗所就是在台中霧峰，之後也不用選地點，像消防役或教育役就是之後還要分發選地點)，那專訓就爽爽過就可以了，如果是之後專訓才要分發的話，你學顆測驗的成績包含軍事訓練成績和專業訓練成績都要考好，因為是按照分數高低選擇役別，分數高的先選這樣。

11. 再來是考試了，總共四個項目，三千平地徒手跑步(跑操場，不用喊口號)、基本教練(立正、稍息、右轉、左轉、後轉)、學科測驗、日常內務評比，3000平地20分鐘內很簡單，基本教練平時上課練好就行了，學科測驗看考古題就可以了，日常內務評比只有10%其實還好，只會影響到假別而已。

12. 在軍中唯一有的甜食，就是喉糖，唯一像糖果的東西，除此之外，大概還有三個途徑可以吃到，第一個是肝膽相照，可以去買零食來吃(我們分隊因為太吵結果取消了)，再來是入營的當月壽星有生日蛋糕可以吃，最後是去捐血，有飲料和餅乾可以吃。

13. 此外，還有所謂的成長體驗營，不外乎是一些攀岩、許願池、高空垂降之類的，行程是一天，如果是幹訓班的話，會有三天，不巧的是當天早上是3000公尺測驗，理論上有成長體驗營的話，當天是不會有跑3000的活動，只是剛好排到要考試，所以也沒辦法，另外，成長體驗營是在戶外，太陽很大，請記得隨時補充水分避免中暑。

14. 最後列一下比較重要的東西，正常應該知道的就不列了，1)喉糖(超重要，有事吃喉糖，沒事吃喉糖，買多一點吧)、2)有燈光的手錶(應該你會很早起來摺棉被，很暗想看時間就需要有燈光才行)、3)考古題(上課沒事可以看考古題，我看了所以我滿分)、4)A4格式的漫畫小說紙上益智遊戲(上課真的很無聊，沒事可以玩玩)、5)牙線(有的隊可以帶，有的不行)、6)電話卡/手機/行動電源/隨身碼(打電話用的)7)衛生紙(多帶點，因為你可能會感冒，我帶了兩包，三包比較保險)。

15. 裡面打電話有兩種，用電話卡打公共電話，或者是打手機，打手機的話要站在廣場打，有隊長負責監看，你可能需要行動電源，電話卡可能打個幾次就沒了，如果需要可能要準備多張一點，最後，我沒有用手機也不是電話卡，我是用隨身碼，價格比電話卡和手機便宜，下個月再繳錢就行了，很方便，有興趣的可以去中華電信辦理，只是因為隨身碼很冷門，櫃台小姐也可能不是很懂就是了。

2016年2月14日星期日

白色的力量3：柯P模式
柯文哲

Date: 20160214
Version: 1

柯文哲的第三本自傳

描述整個選舉過程中，團隊的運行方式。

這一本自傳主要是在講述在整個選舉過程中，柯文哲是如何帶領他的選舉團隊、制定選舉策略，以及SOP的重要性。這三本自傳所帶來的意義不同，第一本是訴說著他為什麼決定要參加選舉，而第二本則主要是在講述他的個人政見，最後第三本則是要表現他所代表的價值觀，讓其他人更能深入地了解柯P在想什麼，以及想要什麼。
這本書中講了許多語錄，我特地針對兩點作說明，「當你思考的不是個人利益，而是眾人的利益時，就會開始信仰SOP。」和「你把部下當賊看，你就真的變賊。」。

「當你思考的不是個人利益，而是眾人的利益時，就會開始信仰SOP。」

最近特別對這句有感觸，什麼是個人利益，就是你本身的獨特性，假如只有你會這項技能，你就具有獨特性，無法被取代，保有自己的價值在，這樣的作法無可厚非，但這不利於後來者的學習與組織的發展，人人都想有保留自己的獨特性，避免被洪流淹沒，就像師傅怕徒弟把獨門技巧學走後另起爐灶一樣，怕失去自己的獨特性，所以只有在你會考慮到眾人的利益(自己以外)時，你才會認真的看待SOP，否則SOP就是一種剝奪自身價值的手段，這也讓我不禁想到《巫師之旅》中，巫師之所以能不斷蓬勃發展，跟他們本身對於知識的推廣與傳承不無相關，也因此我才會決定以這個目標看齊，試著把知識傳承下去，我以前也是那種會藏一手的以保持自身的獨特性，從畢業時實驗室交接工作可以看到，當你把自身辛苦的結晶交給下一個人時的排斥感，以及為了遵守諾言傳承知識的矛盾感，當你要接給下一個人的時後發現，對方怎麼這麼笨，但又因為要傳承知識而不得不靜下心來慢慢教導，這其中心靈的轉換真讓人五味雜陳啊！~~

「你把部下當賊看，你就真的變賊。」

而這句話令我想到實驗室的老闆，老闆他怕學生把實驗資料刪除，特地花錢買NAS，並叫我們把資料上傳到NAS中，從這裡可以知道他為什麼怕學生把資料刪除，因為他知道學生對他很不滿，怕學生銃康他把資料刪除，所以他才會先想到要把資料先存起來，以免之後被刪除。

2016年2月6日星期六

Title

Identification of 2-oxohistidine interacting proteins using E. coli proteome chips.

Date: 20160206

Version: 1

Running Title

Identification of 2-oxohistidine interacting proteins

Abbreviations

The abbreviations used are: PTM, post-translational modification, MCO, metal-catalyzed oxidation, RAGE, receptors for advanced glycation end-products, Aβ, amyloid beta, AD, Alzheimer’s disease, GO, Gene Ontology, KEGG, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, BSA, bovine serum albumin, TBST, tris-buffered saline with tween 20, K_d, dissociation constant, AG peptide, AGAQVAHGNEVAG, SE peptide, SEAGVNHGSAGQA, IA peptide, IAVENVHAQGLA, Oxo-AG peptide, 2-oxohistidine residue in AG peptide, Oxo-SE peptide, 2-oxohistidine residue in SE peptide, Oxo-IA peptide, 2-oxohistidine residue in IA peptide.

Summary

Cellular proteins are constantly damaged by reactive oxygen species generated by cellular respiration. Due to its metal-chelating property, histidine residues are easily oxidized in the presence of Cu/Fe ions and H₂O₂ via metal-catalyzed oxidation, usually converted to 2-oxohistidine. We hypothesize that cells may have evolved antioxidant defenses against the generation of 2-oxohistidine residues on proteins, and therefore there would be cellular proteins which specifically interact with this oxidized side chain. Using two chemically synthesized peptide probes containing 2-oxohistidine, high-throughput interactome screening was conducted using the E. coli K12 proteome microarray containing >4200 proteins. Ten interacting proteins were successfully validated using fluorescence polarization assay through a third peptide probe of different sequence, as well as binding constant measurements. We discovered 9 out of 10 identified proteins seem to be involved in redox-related cellular functions. We also built the functional interaction network to reveal their interacting proteins. The network showed our interacting proteins were enriched in oxido-reduction process, ion binding, and carbon metabolism. A consensus motif was identified among these 10 bacterial interacting proteins based on bioinformatic analysis, which also appeared to be present on human S100A1 protein. The preferential binding of S100A1 with 2-oxohistidine over histidine was successfully validated using all three peptide probes, suggesting that the capacity to recognize 2-oxohistidine modification may be evolutionarily conserved from bacteria to humans. Besides, we found our consensus motif among our identified proteins, including bacteria and human, were all alpha-helix form and faced the outside of proteins which mean the motif has a chance to interact with the other proteins. The combination of chemically engineered peptide probes with proteome microarrays proves to be an efficient discovery platform for protein interactomes of unusual post-translational modifications, sensitive enough to detect even the insertion of a single oxygen atom in this case.

Introduction

The complexity of the proteome arises in a large part due to the hundreds of post-translational modifications (PTMs) already discover. Many PTMs are enzyme-catalyzed, such as phosphorylation, glycosylation, or ubiquitination (1, 2), but there are also numerous non-enzymatic PTMs caused by chemical reactions between reactive molecules and protein side chains, such as glycation, nitrosylation, and oxidation by reactive oxygen species (ROS) (3, 4). As protein side chains are enzymatically modified, there are generally specialized factors in the cell to recognize such changes. For instance, 14-3-3 family protein can recognize protein phosphorylation motifs (5) and various lectins can recognize protein glycosylation (6). However, recognition factors may also exist for non-enzymatic PTMs, such as receptor for advanced glycation end-products (RAGE) (7). In this study we seek to uncover cellular binding factors for 2-oxohistidine, the oxidized product of histidine, which is an important but less understanding non-enzymatic PTM.

The generation of ROS is an unavoidable consequence of cellular respiration, which leads to the oxidation of proteins, lipids, and nucleic acids (4, 8). ROS play regulatory roles in cellular signaling pathways under low levels (9), but high levels of ROS are cytotoxic and lead to the accumulation of damaged cellular components (10, 11). The reactions of proteins with ROS may lead to almost 100 side chain modifications (12, 13). Histidine is highly susceptible to ROS damage, because it has strong metal chelation affinities and often constitutes the binding site for metal ions (14, 15). The presence of H₂O₂ and redox-active metals (Cu and Fe) can lead to metal-catalyzed oxidation (MCO, also called Fenton-type chemistry), which converts histidine side chains to 2-oxohistidine (16, 17).

The conversion of histidine to 2-oxohistidine alters its charge state, hydrogen bonding property, and metal chelation affinity, and hence may have seriously impact on protein structure and function. The net reaction is oxygen insertion (+16 Da), which makes it an irreversible PTM. It is unclear if cells simply tolerate such damages on histidines or employ active mechanisms to recognize them and use them as redox sensors or as damage markers for promoting protein degradation. The only known biological function of 2-oxohistidine is to serve as a redox sensor on bacterial transcription factor PerR (18), while other studies have used 2-oxohistidine as a stable marker of protein damage during oxidative stress (12, 19).

Judging by the potential biological significance of 2-oxohistidine modification, we hypothesized that there may be cellular factors to recognize it. Previous research on 2-oxohistidine had been impeded by the difficulty in generating this side chain with reasonable yields. Recently, we managed to greatly improve the yield of 2-oxohistidine conversion by optimizing MCO reaction conditions using the copper/ascorbate system (20), allowing us to synthesize and purify peptide probes containing 100% 2-oxohistidine for this study.

Here, we used 2-oxohistidine-containing peptides to mimic the oxidative conversion of histidine residues on native proteins. Then, we utilized the E. coli K12 proteome chip to identify 2-oxohistidine-interacting proteins via high-throughput screening, and the interactors turned out to be largely involved redox-related metabolism. From the bacterial interactors we predicted a consensus binding motif, which could be validated across different species and correctly predicted S100A1 as a human binding factor for 2-oxohistidine. Thus, recognition of 2-oxohistidine appears to be an evolutionarily conserved capacity from bacteria to human.

Experimental Procedures

Fabrication of E. coli K12 proteome chip

The high throughput protein expression, protein purification, and protein printing were modified from the previous study (21). Briefly, we expressed and purified E.coli K12 protein in 96-well plate format and subsequently printed the proteome microarray. All purified proteins were spotted in duplicate on each aldehyde slide (BaiO, China) by SmartArrayer 136 (CapitalBio, China) at 4°C. After printing proteins, the proteome microarray chips were kept at 4°C for protein immobilization on the slides for 12 h. In the end, the chips were stored at -80°C before probing with samples.

Peptide oxidation

Solutions containing 1 mM peptide, 5 mM Cu2+ and 200 mM sodium ascorbate were exposed to air with gentle shaking at 37 °C for 24 hrs (AG and SE peptide) or 6 hrs (IA peptide). The oxidation reaction was quenched with 20 mM EDTA and analyzed by reverse-phase HPLC (10-30% acetonitrile and 0.1% TFA in water, C18 column from Dr. Maisch, Ammerbuch, Germany) to determine the reaction yield. For LC-MS/MS analysis of crude reaction mixtures and HPLC fractions, 10 μL samples was acidified with 2 μL 10% TFA and desalted with ZipTip (Millipore, Billerica, MA) following manufacturer’s protocols. Oxidized peptides were purified by semi-preparative HPLC (C18 column, Dr. Maisch). LC-MS/MS experiments were conducted under previously reported conditions (20).

Peptide labeling

Oxidized and non-oxidized peptides were dissolved in 50 mM sodium borate buffer at pH 7.5 and analyzed by HPLC to determine peptide concentration by 210 nm absorbance. DyLight-conjugated NHS esters were dissolved in anhydrous DMF to 10 mg/mL and added to peptide solutions for 1 hr incubation at room temperature, at the following fluorophore/peptide ratios: DyLight 650:AG =3:1, DyLight 650:SE = 5:1, DyLight 650:oxo-IA = 1.5:1; DyLight 550:oxo-AG = 5:1, DyLight 550:oxo-SE = 7:1, DyLight 550:IA = 3:1. Labeled peptides were analyzed and purified by HPLC as described above. Labeled products were verified by LC-MS/MS, and quantified by absorbance measurements based on fluorophore properties.

E. coli K12 proteome chip assays with 2-oxohistidine peptides

The chips were first blocked with 3% bovine serum albumin (BSA) (Sigma-Aldrich, US) for 5 min. Ten μM of DyLight^TM 550-conjugated 2-oxohistidine peptide and DyLight^TM 650-conjugated non-oxohistidine peptide were probed together onto the chip with LifterSlips^TM (Thermo Scientific, US) at room temperature for 45 min. Finally, the chips were washed by Tris-buffered saline-Tween 20 (TBST) in an orbital shaker three times and 5 min each time. The chip was dried by centrifugation and then scanned with a LuxScan^TM microarray scanner (CapitalBio, China). Signal intensities, foreground median subtract background median, were acquired and analyzed using GenePix Pro 6.0 software. Then, we used quantile normalization to normalize the signal intensity from both 2-oxohistidine containing probes and non-oxohistidine containing probes. To identify positive 2-oxohistidine interacting proteins, four cutoffs were set. 1) The signal from experimental groups was greater than 1.5 standard deviations away from the mean for experimental groups. 2) To get the large signal difference between experimental groups and negative controls, the delta, defined as signal difference between experimental group and control group, was greater than 1.5 standard deviations away from the mean for all deltas. 3) To exclude the non-specific binding to 2-oxohistidine residue, the signal from the negative control was less than 1.5 standard deviations away from the mean for control group. 4) To remove the irreproducible hits among triplicate chip assays, the student’s t-test p-values between experimental groups and negative controls were less 0.05.

Heat Map

The R programming language (22) was used to display heat map. The data was presented by signal intensity of foreground subtract background. The gplots package (23) was used for classifying 2-oxohistidine containing peptides and non-oxohistidine containing peptides in hierarchy.

Functional interaction analysis

The identified proteins were used for functional interaction analyses by using EcID (24) and Cytoscape (25). Briefly, the files of EcID entities and EcID pairs were downloaded from EcID database. Before mapping identified proteins to their EcID entities and EcID pairs, we removed the pairs which based on the prediction mode, such as phylogenetic profiles, gene neighborhood, mirror tree, insilicon 2 hybrid, or context mirror. After mapping, we used Cytoscape to generate the functional interaction network, and visualized the identified proteins and their interacting proteins. Later on, we used AmiGO 2 (26) and KOBAS 2.0 (27) to generated gene ontology (GO) (28) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) (29) results, respectively.

Fluorescence polarization assay

After blocking the 96-well black plate (Thermo Scientific, US) with 1% BSA at room temperature for 1 h, the identified proteins was added to the plate. The concentrations of 10 identified proteins (ThrS, YqjG, YajL, HemE, IlvA, PrpD, Zwf, Eda, Gor, and PqqL) were 12.0, 25.7, 10.7, 15.6, 3.4, 18.6, 19.5, 11.8, 26.1, and 5.9 μM, respectively. And the concentrations of BSA, as a negative control, were as same as the protein they compared to. Ten nM of DyLight^TM 550-conjugated 2-oxohistidine peptide was incubated with protein or BSA in a Micromixer MX4 (FINEPCR, South Korea) at room temperature for 1 h. After incubation, the degree of polarization of each well was detected by a Synergy 2 (BioTek, US), using an excitation wavelength of 540 nm and an emission wavelength of 590 nm with a dichroic mirror of 570 nm.

Measurement of dissociation constant (K_d)

Identified proteins and S100A1 (Abnova, Taiwan) were printed on aldehyde chips in a multiple-well format. After printing, the chips were immobilized at 4 °C for 12 h and then stored at -80 °C. The printed chips were blocked at room temperature for 5 min with 3% BSA. Two folds serial-diluted DyLight^TM 550-conjugated 2-oxohistidine peptides, DyLight^TM 650-conjugated non-oxohistidine peptides, and quenched fluorescent dyes were probed onto the wells of the chip individually with Multi-Well Microarray Hybridization Cassettes (Arrayit, US), and incubated at room temperature for 45 min. The fluorescent dyes, DyLight^TM 550 and DyLight^TM 650, were already quenched by 5M Tris-HCl (Bionovas, Canada). To check whether calcium affects interaction between S100A1 and 2-oxohistidine, 1 mM CaCl₂ was added in the assay buffer. After washes with TBST, the chips were dried by centrifugation and then scanned with a microarray scanner. The K_d value was calculated by double-reciprocal plot analysis which y is one divided by fluorescence intensity, and x is one divided by peptide concentration. Set the regression line formula in the form of y = ax, which “a” is the slope of regression line. The K_d value will be “a” times concentration of identified protein.

Motif Search with GLAM2

All identified proteins were converted to FASTA format and analyzed by Gapped Local Alignment of Motifs (GLAM2) (30) for surveying consensus motif. The parameters of GLAM2 were set as default. The resultant motif was then searched in entire E. coli K12 proteome and human proteome by GLAM2SCAN (30).

Protein 3D structure and secondary structure prediction

All protein 3D structures were provided by their provider (31-38) and RCSB PDB (39). The colors in protein 3D structures were visualized by RasMol software (40). We used the EcoGene 3.0 (41) which contains the QUARK prediction method (42) to predict the secondary structure of those proteins which do not have protein 3D structures.

Results

Many researches revealed that the 2-oxohistidine residue had been discovered in several peptides or proteins (16, 43-51). We used the E. coli K12 proteome chip to identify proteins which can bind specifically to 2-oxohistidine residue. To accomplish our purpose, we fabricated the E. coli K12 proteome chips, generated the 2-oxohistidine containing peptides, and probed these peptides with E. coli K12 proteome chips. After identified the positive hits, we used fluorescence polarization assays to validate the interactions and measured the binding affinity by dose-response measurements. Then, we surveyed the consensus motif among these identified proteins and applied to human proteome to look for the possible human 2-oxohistidine interacting proteins. Finally, we used the functional interaction network to find out the possible interacting proteins and used GO and KEGG to figure out possible process and pathway (Fig. 1).

Oxidation of peptide histidine residue

Histidine residues are placed in the middle of 12-mer or 13-mer peptides to eliminate possible charge effects at N-terminus and C-terminus, creating a context similar to proteins. Easily oxidized amino acids, such as methionine, cysteine, tyrosine, tryptophan phenylalanine, lysine, and arginine, are avoided. Three peptides containing a single histidine residue and random selections of other residues, namely AGAQVAHGNEVAG (AG), SEAGVNHGSAGQA (SE), and IAVENVHGGLA (IA), were used for chip assays. We carried out MCO reaction using the copper/ascorbate/air system shown in Figure 2. The HPLC yield of mono-histidine peptides AG and SE were around 10%, and for IA peptide around 20% (Fig. 2).

E. coli K12 proteome chip assays

To investigate 2-oxohistidine interacting proteins, AGAQVAH*GNEVAG (Oxo-AG peptide) and SEAGVNH*GSAGQA (Oxo-SE peptide) were conjugated to DyLight^TM 550 fluorophore molecular probes. Non-oxidized AG and SE peptides were conjugated to DyLight^TM 650 as negative controls. In the chip assay, 2-oxohistidine containing peptide and its negative control were probed with E. coli K12 proteome chip in triplicate (Fig. 3). The examples of 2-oxohistidine interacting proteins compared with non-oxohistidine containing peptide profiling were shown in Figure 4.

To identify the specific hits to 2-oxohistidine peptides, we set several cutoffs. First, we chose the hits had strong intensity in experimental groups. Second, we wanted the hits had high signal in experimental groups and low signal in negative controls. Thus, we chose the hits had large difference between experimental groups and negative controls. Third, although we chose the hits had large difference between two groups, there still were some strong signals in negative controls. To exclude this kind of non-specific binding to 2-oxohistidine residue, we removed the hits which greater than 1.5 standard deviationa away from the mean for negative controls. Fourth, in order to have reproducibility results among triplicate chip assays, we excluded the hits which had large variances as we described in the section of experimental procedures. Under such criteria, 38 and 20 protein hits were found to bind oxo-SE peptide and oxo-AG peptide, respectively (supplementary Table S1-S2). To avoid the non-specific binding due to the different peptide sequences, we chose the hits shared by both 2-oxohistidine peptides among those proteins. Only 10 proteins (ThrS, YqjG, YajL, HemE, IlvA, PrpD, Zwf, Eda, Gor, and PqqL) were identified by both 2-oxohistidine containing peptides (Table 1).

We used heat map to visualize the intensity of these 10 identified proteins among 2-oxohistidine and non-oxohistidine containing probing results (Fig. 5). The heat map shows that our 10 identified proteins clearly classified the 2-oxohistidine peptides from non-oxohistidine peptides.

Functional interaction analysis

We exploited EcID to find our 2-oxohistidine interacting proteins’ partners that indirectly interacted to 2-oxohistidine. The EcID database (Escherichia coli Interaction Database) (24) provided a framework for the integration of several interactional source, including EcoCyc (metabolic pathways, protein complexes and regulatory information), KEGG (metabolic pathways), MINT and IntAct (protein interactions), high-throughput experiment (protein complexes), and iHOP (text mining).

In this study, we only selected interactions from experimental mode which was proved by many databases and the results would be more reliable and confident. We chose the interacting proteins that had at least interacted 3 out of the 10 identified 2-oxohistidine interacting proteins. As shown in Figure 6, four 2-oxohistidine interacting proteins (thrS, zwf, eda, and ilvA) were ‘‘hubs’’ that connected many interacting proteins in the network. From this functional interaction analysis, 26 interacting proteins were found to have interactions with at least 3 out of the 10 identified proteins. We further analyzed this functional interaction network, including 10 identified proteins and 26 interacting proteins, by using AmiGO 2 (26) and KOBAS 2.0 (27) to provide the GO (28) and KEGG (29) results, respectively (supplementary Table S3-S5). Interestingly, fifteen out of the 36 proteins (~40%) were in the oxidation-reduction process, which shows significant enrichment (p < 0.05). Table 2 summarizes the related GO terms and KEGG pathways. Oxidation-reduction process is a metabolic process that involved in the transfer of electrons between chemical species (52). This result suggested that our identified 2-oxohistidine interacting proteins and their interacting proteins from the network may involve in the oxidation-reduction process. In the molecular function, ion binding and cofactor binding were enriched in our network. This result suggested that our proteins may interact with metal ion which can lead to MCO reaction. Besides, oxoacid metabolic process and carbon metabolism were also discovered. These kinds of metabolism usually accompany with energy metabolism that the reducing power and ROS may also carry out in the process (53). Changes to the oxidation state of a molecule were frequently carried out as a secondary metabolite were synthesized or modified (54). Therefore, the biosynthesis of secondary metabolites was also enriched in our interaction network. These data showed that identified proteins and their binding proteins may involve in the redox process or the oxygen sensitive environment to responsible for such kinds of oxidation change or be a protector or sensor to the oxidative stress.

Fluorescence polarization assays

Although there were positive results in the chip assays, we still could not exclude the possible bias of this kind of heterogeneous approach. Fluorescence polarization assay is a kind of homogeneous binding detection methods to mimic the interaction between two compounds in the cellular environment (55-59). Fluorescence polarization assays, investigation of the binding between two molecules were used to validate the 10 identified proteins in this study. Once the protein bound to fluorescent 2-oxohistidine containing peptides, a high degree of polarization was expected. As shown in Figure 7, all the 10 identified proteins had higher polarization than the negative control, BSA. Besides, the polarization distribution of two oxidative peptides was similar to each other. It indicated that interaction between proteins and 2-oxohistidine was not affected by different peptide sequences. The result confirmed that 10 identified proteins can bind to 2-oxohistidine in both AG and SE peptides.

Measurement of binding affinity

Dissociation constant (K_d) described the propensity of a ligand-protein complex to dissociate reversibly into its components. We measured the K_d of these identified proteins to oxidative peptides, normal peptides, and quenched fluorescent dyes by dose-response measurements. Fluorescent 2-oxohistidine containing peptides with different concentrations probed onto the slide, where the identified proteins were immobilized (supplementary Fig. S1A). Using double-reciprocal plot analysis, we calculated the K_d values for all identified proteins (supplementary Fig. S1B). The same procedures were done in normal peptides and fluorescent dyes, too. The result showed our 10 identified proteins had a strong affinity to 2-oxohistidine from 10^-8 to 10^-10 M, especially the hemE protein which had the highest K_d (~10^-10 M) in both 2-oxohistidine containing peptides (Table 3). We also found our proteins slightly preferred oxo-SE peptide than oxo-AG peptide, but the difference of K_d was not greater than one order of magnitude. On top of that, the K_d values from oxidative peptides were significant difference to the normal peptides, and quenched fluorescent dyes (p < 0.05). To check the interaction between 2-oxohistidine and identified proteins again in order to be certain. We used a third peptide, IAVENVH*QGLA (Oxo-IA peptide) and its negative control (IAVENVHQGLA, IA peptide), which had different peptide sequence and we also swapped their fluorescent dyes to each other to avoid the influence of fluorescent dyes. The result also showed the statistically significant difference to its negative controls (p < 0.05). This indicated that our 10 identified proteins had a strong binding affinity to 2-oxohistidine, and were not affected by different peptide sequences and different fluorescent dyes.

Motif Searching in E. coli proteome and human proteome

Based on fluorescence polarization and binding affinity results, we performed the GLAM2 (Gapped Local Alignment of Motifs) (30) to survey whether a consensus motif among these identified proteins. In this study, we found the consensus motif among these identified proteins is [SD][QV][AEDT]A[YIL][CE][AK][ARL][MV][AHK]?[KET][LV] [AYLF]E (Fig. 8). In addition, we used this motif to query entire E. coli K12 proteome by GLAM2SCAN (30). The result showed top ten ranking proteins containing this motif were identical to our identified proteins (Table 4). This indicates that motif was significantly unique in the entire E. coli K12 proteome (p < 0.05). We also applied this motif to entire human proteome, and found the ranked top one protein is S100 Calcium Binding Protein A1 (S100A1), which is a member of the S100 family (supplementary Table S6).

After motif screening in E. coli and human proteome, we further investigated the secondary structure of the motif in our identified proteins and S100A1 by using protein 3D structures (Fig. 9). However, there were 3 proteins (hemE, zwf, and pqqL) were not available. For these three proteins, we used the QUARK prediction method to predict their secondary structures. By proteins 3D structure analysis or QUARK prediction, the result showed that this motif was usually an alpha-helix in these proteins except for yajL, which contains 36% beta-sheet and 64% alpha-helix in the motif (Table 5). Besides, we found these kinds of alpha-helix formed motifs generally faced the outside of the proteins which mean they had chance to interact with outside molecules. Our finding suggested that 2-oxohistidine recognized motif was an alpha-helical structure and conversed between E. coli and human.

K_d measurement between human S100A1 protein and the oxidative peptides

To validate the interaction of human S100A1 protein we found by GLAM2SCAN on entire human proteome, we calculated the K_d values according to dose-response measurements for all oxidative peptides, including oxo-AG peptide, oxo-SE peptide and oxo-IA peptide. The result showed that S100A1 protein had a strong affinity to all 2-oxohistidine containing peptides and significant difference to the other unoxidized peptides and fluorescent dyes (p < 0.05) (Table 6). The binding affinity of S100A1 to 2-oxohistidine were 10-fold to 100-fold higher than the negative controls, indicating that S100A1 actually had an ability to bind to the 2-oxohistidine. Since we knew S100A1 is calcium binding protein, we wondered whether calcium would affect the interaction or not. The result showed calcium was not involved in the interaction of S100A1 to 2-oxohistidine peptides or the other groups (p > 0.1). This suggested the E. coli K12 proteome chip was able to be a feasible platform for motif screening in cross-species studies.

Discussion

Enzymatic and non-enzymatic PTMs are comparable in their diversity and chemical complexity, but past research efforts have mostly focused on the former, leaving a huge gap in our understanding of biological phenomena associated with non-enzymatic PTMs. Even though non-enzymatic PTMs are not generated by enzyme actions, there may still be specific enzymes to chemically reverse such modifications, or specific receptors to detect such modification. For example, the chemical oxidation of methionine to methionine sulfoxide can be reduced back to methionine by specific reductases MsrA and MsrB (60); RAGE can recognize protein glycation and lead to inflammatory responses (7). However, there are still many non-enzymatic PTMs for which the biological functions are little known.

Among non-enzymatic PTMs, 2-oxohistidine is particularly interesting because of its minimal size, involving the insertion of just one oxygen atom. It probably represents the smallest atom-scale alteration associated with a known PTM, and we investigated if cells have evolved the ability to monitor such a small change on the surface of proteins. Because histidine often plays critical roles in protein function, both structurally and catalytically, we hypothesized there would be cellular factors that specifically recognize 2-oxohistidine side chains, and this hypothesis was tested with specially synthesized peptide probes, and E.coli proteome chips.

Using three peptide probes with homogeneous 2-oxohistidine modification, we were able to identify 10 proteins that show preferential binding for 2-oxohistidine-containing peptides over non-oxidized control peptides (Table 1). Since these three probes have very different flanking sequences, it is very likely that we have identified proteins which specifically recognize side-chain differences between 2-oxohistidine and histidine, and we will refer to them as 2-oxohistidine recognition factors. Before this study, the recognition factors of 2-oxohistidine had never been proposed or identified.

In theory, the recognition of 2-oxohistidine could play several different biological roles. First, it may act as a redox sensor, similar to S-nitrosylation (61). Secondly, it may identify oxidatively damaged proteins and mark it for degradation. Third, it may trigger cellular stress responses and antioxidant pathways. Although there is no known involvement of 2-oxohistidine in different E. coli physiological pathways, several of the recognition factors in E. coli appear to be related to redox pathways and antioxidant pathways.

Among the 10 putative recognition factors identified via proteome array, 9 seem to be involved in redox-related cellular functions. Gor is a glutathione reductase, involved in the generation of glutathione, which maintains the reducing environment of the cell (62). YqjG is glutathionyl hydroquinone reductase, which utilizes glutathione to reduce a wide range of organic molecules (38). HemE is an uroporphyrinogen decarboxylase involved in the biothesis of the heme group, which is an important cofactor for antioxidant enzymes like catalase and peroxidase (63). Zwf is a glucose-6-phosphate dehydrogenase, which helps supply NADPH through the pentose phosphate pathway (64), and NADPH is a cofactor used as a reducing agent by many metabolic enzymes (65, 66). PqqL in E. coli is a putative zinc metalloprotease, but functionally it may be similar to pqqF in Klebsiella pneumoniae, which has a supportive role in pyrroloquinoline quinone biosynthesis (67). Pyroloquinoline quinone is a redox cofactor that provides reducing power for the cell, and also a ROS scavenger (68).

YajL is an anti-oxidative-stress chaperone, which promotes disulfide formation to help maintain order in the thiol proteome (69). Interestingly, the human homolog of yajL, DJ-1, is also an anti-oxidative stress protein, and its mutations are known to cause familial Parkinsonism (70). On the other hand, ilvA and thrS are both involved in threonine metabolism, and known to be regulated by oxygen levels in the cell. IlvA, a threonine dehydratase, converts threonine to 2-oxobutanoate, and its promoter is activated by oxygen (71). ThrS is a threonyl-tRNA synthetase, and potentially also an oxygen sensor in the cell through Cys182 oxidation (72). Eda, Entner-Doudoroff aldolase (also called KDPG aldolase), is involved in the Entner-Doudoroff pathway that generates pyruvate and NADPH by consuming glucose. Eda is a multi-functional aldolase which also catalyze the addition of pyruvate to electrophilic aldehydes to detoxify harmful byproducts generated by oxidative stress (73).

PrpD, a 2-methylcitrate dehydratase, does not appear to be directly involved in redox functions, but it converts propionyl-CoA into pyruvate through the methylcitrate cycle (74), and pyruvate can be utilized by the aforementioned eda to detoxify oxidized organic molecules with aldehydes. Therefore, all 10 putative recognition factors for 2-oxohistidine identified here appear to be involved in supplying reducing power to the cell or in oxygen-sensitive regulation of carbon metabolism. This strongly implies that recognition of 2-oxohistidine in E. coli may play certain roles in redox sensing and metabolic regulation, but further experiments are required to elucidate its actual function.

Using motif analysis by GLAM2 and GLAM2SCAN, we identified putative 2-oxohistidine binding motif from these 10 recognition factors, which turned out to be: [SD][QV][AEDT]A[YIL][CE][AK][ARL][MV][AHK]?[KET][LV][AYLF]E. We further validated this binding motif by searching for the highest-scoring match in the human proteome, which turned out to be DVDAVDKVMKELDE on S100A1 protein, and we verified that S100A1 indeed exhibited 2-oxohistidine binding affinity. S100A1 is a calcium binding protein highly expressed in the brain and heart, and its calcium binding affinity is greatly enhanced by the oxidative nitrosylation of Cys86 (75). It is believed to regulate calcium and nitric oxide signaling in neuronal cells, affecting neurotransmitter release as well as inflammation (76). Interestingly, since S100A1 is also secreted extracellularly (77), it may bind to oxidized amyloid beta (Aβ) with 2-oxohisitidine side chains, which are released from extracellular senile plaques which trap metals and generate ROS (45, 78, 79). Since Aβ is known to cause calcium misregulation (80), oxidative stress (81), and inflammatory response (82) in the brain, the interaction between S100A1 and oxidized Aβ through 2-oxohistidine recognition may play a role in Alzheimer’s disease (AD) pathogenesis, which warrants future investigation.

Our preliminary evidence suggests that both bacteria and humans have cellular factors which can recognize 2-oxohistidine side chains, and a conserved binding motif has been putatively identified. Through the course of evolution, the recognition of 2-oxohistidine may carry important cellular functions related to redox signaling. We have also shown that E. coli K12 proteome microarray is capable of being exploited as a motif library for screening small molecule binding, and that even a single-atom modification on the molecule may be recognized. We expect a wide application of this approach for studying the interaction of other post-translational modifications, such as phosphorylation, methylation, acetylation, amidation, thiolation, sulfation, nitrosylation, as well as many non-enzymatic PTMs. With regard to 2-oxohistidine, future work is required to elucidate how single-oxygen insertion can be recognized on the protein surface, and how recognizing this modification regulates biological functions.

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Figure Legends

Figure 1. Overall strategy for the identification of 2-oxohistidine interacting proteins using E. coli K12 proteome chip. We expressed and purified ~4,300 E. coli proteins in high-throughput to fabricate the E. coli K12 proteome chip. We used an improved condition to obtain 2-oxohistidine peptides in high purity. 2-Oxohistidine peptides were then probed to E. coli K12 proteome chip and identified the preferential binding proteins. We also built their functional interaction network to investigate their biology. Fluorescence polarization assays were used to validate the identified proteins. We conducted dose-response fluorescence assays to measure the K_d of these proteins. Furthermore, we used GLAM2 to search consensus motif among these identified proteins and also applied this motif to entire E. coli K12 proteome and human proteome by GLAM2SCAN.

Figure 2. Summary scheme for the synthesis of 2-oxohistidine-containing peptides. The process was synthesized by using metal-catalyzed oxidation, and the histidine side chain on peptides was converted to 2-oxohistidine.

Figure 3. Schematic of E. coli K12 proteome chip assays with 2-oxohistidine peptide probes. To detect the 2-oxohistidine interacting proteins, E. coli K12 proteome chips were probed with 2-oxohistidine-containing peptides and un-oxidized control peptides labeled with different fluorophores. Each protein was printed in duplicate on the chips.

Figure 4. Representative images of the E. coli K12 proteome chips probed with 2-oxohistidine containing peptide (Oxo-SE peptide) and non-oxohistidine containing peptide (SE peptide). The representative positive hits (yqjG and thrS) and non-specific binding protein (yeiG) on the chip were enlarged from sample images of oxo-SE peptide and SE peptide, respectively. The contrast and brightness of images had been equally adjusted using the same parameters.

Figure 5. The heat map of 10 identified proteins. The heat map showed the classification of 10 identified proteins in oxo-AG, oxo-SE, AG and SE chip assay probing result. Each peptide probes had triplicate results. The R programming language and gplots package were used to display heat map.

Figure 6. The functional interaction network of the 10 identified proteins and 26 interacting proteins. The interaction pairs for 10 identified proteins were downloaded from EcID database, and functional interaction network was visualized by Cytoscape. We only showed the interacting proteins that interact with at least 3 out of 10 identified proteins, and 26 interacting proteins were identified. Four out of 10 identified proteins, eda, ilvA, zwf, and thrS, had many interactions and considered to be hubs. Square shapes represented the 10 identified proteins, and round shapes represented the 26 interacting proteins. The node color showed the number of interactions, the red is greater than 10 interactions, the green is greater than 5 interactions, and the others are yellow which smaller than 5 interactions. The thicker edge lines symbolized that more databases showed the interaction between 2 proteins.

Figure 7. Validation of the interactions between 2-oxohistidine peptides and identified proteins using fluorescence polarization assays. In fluorescence polarization assays, the polarizations of the tested proteins were compared with same concentration of BSA, as a negative control. A. The fluorescence polarization assays for oxo-AG peptide and identified proteins. B. The fluorescence polarization assays for oxo-SE peptide and identified proteins. The black bar is identified proteins and the gray bar is BSA. The asterisks mean the polarizations of the identified proteins were significant difference to the BSA control (p < 0.05).

Figure 8. Consensus motif among the 10 validated proteins. A motif [SD][QV][AEDT]A [YIL][CE][AK][ARL][MV][AHK]?[KET][LV][AYLF]E was identified by GLAM2. The table showed the protein sequences of 10 validated proteins aligned with consensus motif.

Figure 9. Protein 3D structure of E. coli identified proteins and human S100A1. Only 7 E. coli identified proteins (thrS, yqjG, yajL, ilvA, prpD, eda, gor) and human S100A1 had protein 3D structures. The protein 3D structures were provided by their provider and RCSB PDB, and visualized by RasMol software. Beta-sheets are shown in yellow bands; alpha-helices are shown as pink bands and random coil as white lines. The blue bands are the consensus motif we found by GLAM2. Only yqjG, yajL, prpD, gor and S100A1 were provided by homodimer structure. The other is the monomer structure.

Tables

Table 1. 2-Oxohistidine interacting proteins identified by E. coli K12 proteome chips. There were 38 and 20 proteins are identified by oxo-AG peptide and oxo-SE peptide chip assays, respectively. To avoid the non-specific binding due to the different peptide sequences, we only chose the hits were shared by both 2-oxohistidine containing peptides (oxo-AG peptide and oxo-SE peptide).

Accession ID	Protein Symbol	Protein Name	Protein Function
EG11001	thrS	Threonyl-tRNA synthetase	An enzyme involved in protein synthesis which is regulated by aerobic and anaerobic metabolisms
EG12746	yqjG	Glutathionyl-hydroquinone reductase	Reduction of organic small molecules
EG13272	yajL	Anti-oxidative stress chaperone	A covalent chaperone for thiol-containing proteome, also promoting disulfide formation
EG11543	hemE	Uroporphyrinogen decarboxylase	Involved in the synthesis of heme group, which is a critical cofactor for antioxidant enzymes
EG10493	ilvA	Threonine dehydratase	A metabolic enzyme that converts threonine to 2-oxobutanoate, regulated by an oxygen-responsive promoter
EG13603	prpD	2-Methylcitrate dehydratase	A metabolic enzyme in the methylcitrate cycle that converts propionyl-CoA to pyruvate
EG11221	zwf	Glucose-6-phosphate dehydrogenase	A metabolic enzyme in the pentose-phosphate pathway that supplies reducing power to cells generating NADPH
EG10256	eda	KDPG aldolase	An enzyme in the Entner-Doudoroff pathway, also a multi-function aldolase to detoxify aldehydes generated by oxidative stress
EG10412	gor	Glutathione reductase	An enzyme that generates glutathione to maintain a reducing environment in the cell
EG11744	pqqL	Putative periplasmic M16 family zinc metalloendopeptidase	An enzyme involed in pyrroloquinoline quinone biosynthesis, which is a redox cofactor that supplies reducing power

Table 2. Summary for functional analysis of 36 proteins from functional interaction network. The 36 proteins, including 10 identified proteins and 26 interacting proteins, were used to do the functional analysis. The GO and KEGG results were generated by AmiGO 2 and KOBAS 2.0, respectively. We summarizedthe related GO terms and KEGG pathways in this table. The entirely detailed information of GO and KEGG results were shown on supplementary Table S3-S5.

GO Term (Biological process)	ID	Protein involved numbers	p-value
Oxoacid metabolic process	GO:0043436	21	5.29E-08
Oxidation-reduction process	GO:0043436	15	5.03E-03
GO Term (Molecular function)	ID	Protein involved numbers	p-value
Ion binding	GO:0043167	27	3.43E-05
Cofactor binding	GO:0048037	15	2.38E-06
KEGG	ID	Protein involved numbers	p-value
Carbon metabolism	eco01200	11	2.89E-03
Biosynthesis of secondary metabolites	eco01110	19	1.25E-02

Table 3. K_d values for 2-oxohistidine peptides binding to identified proteins. All K_d values were determined by dose-response measurements. Different concentration of fluorescent oxidative peptides, normal peptides, and fluorescent dye were probed onto the chip which 10 identified proteins immobilized. Based on the dose-response, we could use double-reciprocal plot to calculate the K_d values. We also used the oxo-IA peptide, which was different peptide sequence and labeled different fluorescent dye, and its negative control (IA peptide) to confirm the binding between identified proteins and 2-oxohistidine.

	Oxidative Peptides			Normal Peptides			Fluorescent Dyes
Name	DyLight 550 oxo-AG	DyLight 550 oxo-SE	DyLight 650 oxo-IA	DyLight 650 AG	DyLight 650 SE	DyLight 550 IA	DyLight^TM 550	DyLight^TM 650
thrS	1.2E-8 ± 9.6E-10^a	6.7E-9 ± 1.9E-9^a	3.9E-8 ± 4.7E-9a	1.4E-7 ± 3.5E-8	2.5E-7 ± 8.3E-8	1.0E-7 ± 6.8E-8	8.5E-8 ± 1.1E-8	1.1E-7 ± 1.6E-8
yqjG	1.1E-8 ± 9.2E-10^a	3.4E-9 ± 2.4E-10^a	1.4E-8 ± 1.7E-9^a	4.9E-7 ± 2.1E-7	1.0E-7 ± 4.5E-9	1.2E-7 ± 7.0E-8	2.9E-7 ± 9.7E-8	1.4E-7 ± 2.7E-8
yajL	5.6E-8 ± 2.8E-8^a	1.4E-8 ± 7.5E-9^a	1.0E-7 ± 3.1E-8^a	3.7E-7 ± 1.9E-7	8.6E-7 ± 2.8E-7	2.2E-7 ± 1.2E-7	2.5E-7 ± 1.3E-7	4.4E-7 ± 2.9E-7
hemE	8.7E-10 ± 6.1E-11^a	6.9E-10 ± 2.3E-11^a	5.6E-9 ± 5.3E-10^a	1.9E-7 ± 3.4E-8	1.2E-8 ± 7.7E-10	1.2E-7 ± 3.5E-8	1.4E-7 ± 5.4E-8	4.8E-8 ± 5.7E-9
ilvA	1.6E-8 ± 4.1E-9^a	2.8E-8 ± 3.6E-8^a	5.9E-7 ± 1.7E-7^a	2.9E-7 ± 4.1E-8	2.9E-7 ± 5.9E-8	1.5E-6 ± 6.8E-7	8.5E-8 ± 5.4E-8	1.3E-6 ± 5.3E-7
prpD	1.6E-7 ± 1.7E-7^a	9.0E-8 ± 1.8E-7^a	1.3E-7 ± 2.1E-8^a	7.3E-7 ± 1.0E-7	6.2E-7 ± 4.2E-7	7.9E-7 ± 1.7E-7	1.3E-6 ± 8.7E-7	2.4E-6 ± 5.7E-7
zwf	1.4E-8 ± 1.5E-9^a	2.3E-8 ± 2.7E-8^a	7.2E-8 ± 1.7E-8^a	1.2E-6 ± 5.3E-7	5.8E-7 ± 2.2E-7	3.7E-7 ± 2.7E-7	5.6E-7 ± 3.6E-7	6.4E-7 ± 2.7E-7
eda	3.9E-9 ± 2.7E-10^a	2.0E-9 ± 2.6E-10^a	9.2E-8 ± 1.6E-8^a	3.3E-7 ± 1.1E-7	2.6E-7 ± 9.4E-8	2.6E-7 ± 1.1E-7	2.2E-7 ± 2.4E-7	4.6E-7 ± 2.1E-7
gor	2.4E-8 ± 3.5E-9^a	1.2E-8 ± 1.8E-9^a	8.3E-8 ± 3.4E-8^a	1.1E-6 ± 5.5E-7	8.6E-7 ± 5.0E-7	2.2E-7 ± 8.2E-8	9.0E-7 ± 5.0E-7	6.1E-7 ± 3.7E-7
pqqL	5.4E-9 ± 4.7E-10^a	1.8E-9 ± 2.3E-10^a	6.7E-8 ± 1.1E8^a	3.0E-7 ± 2.0E-7	3.0E-7 ± 1.1E-7	3.7E-7 ± 2.7E-7	1.5E-7 ± 9.2E-8	6.3E-7 ± 3.8E-8
^a Significant difference to its normal peptide control and fluorescent dye control ( p < 0.05).

Table 4. Top 10 protein list of [SD][QV][AEDT]A[YIL][CE][AK][ARL][MV][AHK]? [KET][LV][AYLF]E enriched in entire E. coli K12. The motif was searched in entire E. coli K12 proteome by GLAM2SCAN.

Rank	Name	EcoGene Accession	START	SITE	END	SCORE
1	ilvA	EG10493	266	DSDAICAAMKDLFE	279	29.2
2	thrS	EG11001	116	DVEALEKRMHELAE	129	28.1
3	yqjG	EG12746	202	SQEAYDEAVAKVFE	215	26
4	pqqL	EG11744	357	MQDAANALMAELAT	370	24.3
5	prpD	EG13603	293	SQTAVEAAM.TLYE	305	23
6	eda	EG10256	53	AVDAIRAIAKEVPE	66	22.6
7	gor	EG10412	87	SRTAYIDRIHTSYE	100	22.5
8	zwf	EG11221	54	DKAAYTKVVREALE	67	21.8
9	yajL	EG13272	101	IVAAICAAPATVLV	114	21.1
10	hemE	EG11543	174	DPQALHALLDKLAK	187	20

Table 5. Secondary structure of Motifs from 10 E. coli K12 identified proteins and human S100A1 proteins. The secondary structure of motifs for each protein was provided by their provider and RCSB PDB with protein 3D structures. However, the hemE, zwf and pqqL do not have the protein 3D structure in RCSB PDB. We used the EcoGene 3.0 which contains the QUARK prediction method to predict the secondary structure of motifs.

Name	Secondary structure of Motif	Source	PDB ID	QUARK ID	Reference
thrS	Alpha-helix	RCSB PDB	1TJE		(34, 39)
yqjG	Alpha-helix	RCSB PDB	4G0L		(38, 39)
yajL	Beta-sheet+Alpha-helix	RCSB PDB	2AB0		(36, 39)
hemE	Alpha-helix	EcoGene 3.0		E11780	(41, 42)
ilvA	Alpha-helix	RCSB PDB	1TDJ		(33, 39)
prpD	Alpha-helix	RCSB PDB	1SZQ		(31, 39)
zwf	Alpha-helix	EcoGene 3.0		E14278	(41, 42)
eda	Alpha-helix	RCSB PDB	1WAU		(37, 39)
gor	Alpha-helix	RCSB PDB	1GEU		(32, 39)
pqqL	Alpha-helix	EcoGene 3.0		E12551	(41, 42)
S100A1	Alpha-helix	RCSB PDB	1ZFS		(35, 39)

Table 6. K_d values for 2-oxohistidine peptides binding to S100A1.

	Oxidative Peptides			Normal Peptides			Fluorescent Dyes
S100A1	DyLight 550 oxo-AG	DyLight 550 oxo-SE	DyLight 650 oxo-IA	DyLight 650 AG	DyLight 650 SE	DyLight 550 IA	DyLight^TM 550	DyLight^TM 650
w/o calcium^b	5.3E-9 ± 4.9E-9^a	5.2E-9 ± 2.1E-9^a	1.2E-8 ± 4.2E-9^a	3.9E-8 ± 4.0E-8	8.2E-8 ± 5.7E-8	3.1E-8 ± 2.0E-8	3.4E-7 ± 2.4E-7	3.6E-7 ± 3.6E-7
w/ calcium	7.3E-9 ± 4.8E-9^a	2.9E-9 ± 6.4E-10^a	2.8E-8 ± 9.8E-9^a	1.3E-7 ± 9.1E-8	8.5E-8 ± 5.5E-8	6.6E-8 ± 3.7E-8	5.6E-8 ± 3.8E-8	1.2E-7 ± 8.4E-8
^a Significant difference to its normal peptide control and fluorescent dye control ( p < 0.05). ^b No significant difference to with calcium group (p > 0.1).

Figures

Figure 1.

Figure 2.

Figure 3.

Figure 4.

Figure 5.

Figure 6.

Figure 7A.

Figure 7B.

Figure 8.

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